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自称是“凤凰院凶真”的中二病大学生冈部，为了修学分的他与青梅竹马真由理一同去听中钵博士召开的时间机器宣讲会。会后听到惨叫的冈部看到了躺在血泊之中的红莉栖，在他发出“红莉栖遇刺”的短信给好友桥田后立即感到了不同寻常的异样感，他所在的世界似乎发生了某些微妙的改变。

出现在自己面前的红莉栖让冈部非常吃惊，而桥田却觉得冈部的妄想症犯了，在讲座上天才少女红莉栖彻底击败了冈部的时间机器理论。彻夜调查提托事件的冈部却没有找到结果，这件发生在2000年轰动一时的话题仿佛从来都没有发生过，当他用电话微波炉（暂定）做香蕉实验时奇怪的事情发生了。

突然到来的红莉栖对于香蕉实验也产生了疑问，冈部则顺势邀请她加入LAB，在他们梳理思路后重新实验，而实验的结果让冈部确信了时间机器的理论，看到这些的红莉栖跑了出去。时间旅行的关键是小型黑洞，一直在做此项研究的SERN对外发布小型黑洞无法实现，为了明白真相的冈部让桥田黑进了SERN的系统。

黑进SERN系统后他们看到了一份程序，为了破解这份程序语言他们必须先得到老式的电脑IBN5100，冈部所说的毫无边际的话让红莉栖一时无法相信。

在核实IBN5100的确可以破解特殊程序语言后红莉栖找到了冈部。冈部在留未穗哪里得知漆原的神社供奉着IBN5100，得到了这台电脑的他们将会发掘出怎样的秘密？

在桥田的改装下IBN5100终于可以运作，被破解的程序语言有着让他们吃惊的事实，之前40年来SERN一直在做关于时间机器的实验，甚至还将这种实验运用在了人类身上。

而死者的样子就像是冈部他们所作的香蕉实验一样。看到这些的冈部不禁大笑起来，他想要抢在SERN之前制作出时间机器。

铃羽不知为何会对红莉栖露出敌意，当冈部问及时铃羽却说和红莉栖过去并没有什么矛盾。香蕉实验再次成功。

红莉栖在实验室发出了第三封邮件，刚刚还为实验成功而喜悦不已的冈部却又担心SERN会不会对知道了秘密的他们下手。

对IBN5100执着的萌郁找到了冈部，知道了秘密的她也成为了lab的成员。

为了测试改变历史的方法，冈部发了封邮件给之前的自己，上面写着彩票的中奖号码，虽然有些犹豫但冈部还是按下了发送键。

时空开始了摇晃，反应过来的冈部紧盯着自己的手机，而同伴们却完全没有试验的记忆，现在他所处的世界又发生了微妙的改变，他再次进入了平行世界。

为了确认自己能够在世界线移动后维持记忆，冈部决定再次移动世界线，但当他向桥田发送第6封D-mail后世界线却没有移动。

在萌郁的强烈要求下冈部允许她给4天前的自己发短信不要换手机，世界线移动后众人都失去了对萌郁的记忆，听到他们谈话的琉华也想给过去的母亲发短信，他想要从男生变成女生。

发送过D-mail的琉华并没有看出什么变化，但冈部却发现了许多异样，在这个世界线里IBN5100根本就没有被找到。

而本被大家忘记的萌郁又回到了记忆里，在菲利斯发送第9封D-mail到10年前后世界发生了更大的改变，菲利斯死去的父亲出现，而整个秋叶原从萌文化街变成了电器街，冈部意识到他们可能做了无法挽回的事情。

虽然世界发生了变化，但从结果来看人际关系依旧维持正常，在冈部说琉华子是男生时遭到了大家的鄙夷，亲测之后才发现琉华子已经变为了女生。

冈部得知铃羽为了寻找父亲而参加了“时间机器线下聚会”，并听从劝告没有去跟踪铃羽，在冈部想要改变过去替铃羽找回父亲时却收到了“我在看着你哦”的讯息，里面还附上了诡异的照片。