美琪与美雪成为初级魔仙后成绩不太理想，被魔仙女王召回魔仙堡上魔法补习班。二人到达魔仙堡，重遇魔仙小蓝，并结识了魔仙堡的老树精灵及石龟精灵。另一方面，魔仙堡中的魔法教室内，魔法导师青青正教导一班学生学习魔法，当中有一名小魔仙小千，天生顽皮爱捣蛋，经常搞破坏。小千大闹教室后冲出，青青老师跟着，此时却遇上魔仙堡女王，青青老师恳求女王免去她担任魔法导师一职，女王好言教导小千及鼓励青青继续执教。

女王道出小千正是魔仙神童，将来会成为魔仙堡主人，过程却被小千听到，并知道自己妈妈可能在人类世界。此时美琪及美雪谨见女王，却突然发现来回魔仙堡的工具魔仙能量盒给遗留在降落地点精灵花园，女王命小蓝替二人到花园取回。

小蓝来到精灵花园，却不见魔仙能量盒。

花园中的老树精灵及石龟精灵说出原来已被小千取去。小蓝来到花园另一处发现小千，小千不肯将魔仙能量盒交出，最后小千更逃离魔仙堡，小蓝万心焦急。

小蓝把小千出走的事告诉了青青及魔仙女王，女王命小蓝无论如何也要把她带回来，小蓝奉命离开魔仙堡。

美琪、美雪完成补课后回到人类世界，她们已升上了初中，遇上了新旧同学，最有趣的胖小龙也继续成为同班同学，闹出了不少笑话。

学校带领一班同学到艺术馆参观，在场馆中发生了怪事，小龙竟看见会移动的雕塑，给吓得冲出场馆。

美琪、美雪变身小魔仙以魔法破解，却不知道为何会发生怪事。

在回家的路上，美琪、美雪被小千跟踪，原来小千在艺术馆中看见她们用魔法，得知了她们懂得魔法这个秘密。

小千一直纒着美琪、美雪，二人摆脱不了，小千更跟着她们回到家里。

美琪、美雪发现小千原来也是懂得魔法，方想起在艺术馆中的怪事必定是与小千有关，二人正想以魔法把她制服时，魔仙小蓝刚巧赶至，令美琪、美雪惊愕不已。

美琪、美雪从小蓝口中得知眼前的小女孩就是当日逃离魔仙堡的小千。