就在羽才不知道为什么自己的夫人的冷冻仓会出现在这里时，凯瑟琳在自己的房间里，发现了理查德的遗书。
这封遗书告诉了凯瑟琳他多年的担忧，以及对自己如此对待两个女儿的悔恨，并希望自己清除了凯瑟琳体内的工程体之后，她能够有自己的选择。
但最重要的就是这个选择暗示了理查德在波斯达迪奥的一个天桁的实验室里，藏了两份超级工程体，可以让凯瑟琳再一次的变成御者，但不足以让凯瑟琳成为蜂后，这个实验室里有另一份特制的工程体，能够让使用的人，成为蜂后，但是使用之后，这个过程是无法逆转的。
这时羽才意识到，如果能够恢复麟儿和凯瑟琳的能力，然后把白雯通过蜂后制剂复活，是最好的选择，凯瑟琳为了这个疯狂的世界已经牺牲了太多了，如果再一次作为蜂后，恐怕安会杀了他。
于是众人决定将夺回安的工作先交给蒂勒和梅达瓦，自己先去南美，寻找理查德遗产。
最终羽才一行在成功的通过理查德给他的女儿所设下的重重验证之后，进入了位于亚马逊丛林深处的天桁阿列夫级（Alef）实验室，湛蓝之心（heartofaquamarine）。
在湛蓝之心里，羽才再一次收到了陈华的消息，陈华告诉他，梅契尼科夫很快就会去杀他，但是羽才不用担心，这一切已经在他的预料之中，而且白雯也是他告诉蒂勒带过去的，但是林白雯如果被制成了蜂后复活，白雯会变成什么样子，是说不定的，他看不到这个结果，让羽才好好考虑之后，再做决定，不要犯他的老错。
然后陈华向羽才道别，说这是他在时代舞台上，最后一个任务了，以后的世界，是属于你们孩子们的。
羽才与父亲告别之后，觉得哪里不对，但是还是没有原谅他，于是决定隐瞒白雯的信息，强行的将蜂后血清注入了白雯。
白雯复活了，但体内的自我意识与蜂后的意识不断的冲突，让白雯深陷巨大痛苦之中，与此同时，她的身体还在不断的瓦解。
原来凯瑟琳是经过了多年的试验，被选定的蜂后，而麟儿则是一个临时容器，没有放入蜂后的全部意识，只是作为一个通道，而白雯却不一样，她毫无准备的被注入了整个蜂后的意识，而且一次又一次的被控制，蜂后已经产生了巨大的变化，白雯的身体完全受不了，最后很快便崩溃了。
羽才再一次失去了白雯，意识到自己的愚蠢之后，想试着向陈华和解，却发现陈华已死，还是被梅契尼科夫杀死的，而且外面的世界，似乎发生了什么大事。
现在羽才，麟儿和凯瑟琳已经背水一战，只能去找梅契尼科夫，结果他们刚刚走出实验室，便发现世界已经陷入末日了，大量的特异化的兽形已经横行整个世界，人类濒临灭绝，而这一切的一切，似乎都是源于他们在实验室里制作白雯这个蜂后期间，发生在恩加恩加的某个事故
这里是一切的终点，羽才历经千辛万苦来到这里，发现了奄奄一息的梅达瓦，梅达瓦告诉了羽才，这里在几个月之前，他们到来的时候发生的惨剧。
当他们到达这个实验室的时候，已经晚了，梅契尼科夫已经开始了对安体内工程体的抽取，于是众人决定想办法击败梅契尼科夫，解救安，但是谁知在几次交锋之后，由于蜂后的突然消失，安体内的工程体被梅契尼科夫大量取出产生的压力之下，安暴走失控，几乎当场杀死了所有人，梅契尼科夫因为自己有超级复原力，得以逃出生天，而梅达瓦他们经过长时间的苦战和劝说，除了梅达瓦之外的所有人都被安所杀。
然而可怕的是，因为安的暴走，实验室当中被破坏的设备泄露的大量的超级病毒，这些病毒迅速侵蚀了安的身体，她的身体为了抵御这些病毒，进入了一个不断自我再生而又不断重病的循环，这个过程中释放出了海量的变种工程体（DS），污染了整个大气，随着大气圈的流动，感染了海量的人类，也产生了大量的异化兽形，也就是多年之前天桁预测过，但没有公布过的第二，第三阶段兽化。
这些异化兽形非常强大，对环境的适应能力非常强，不仅普通武器没什么用，他们还抗辐射，几颗核弹之后人们很快意识到自己比兽形在核武器之下伤亡更大。
这个阶段，工程体已经完全进入了超进化期，越强烈的刺激，人类越是反抗，蜂后就学会的越多，进化的越快，本来一个新策略可以用好几天，异化兽才会适应，这个阶段，一个新的战术几分钟就会被异化兽学会，并且更优化的利用起来，人类已经进入了最后的阵地。
绝望的大潮侵袭了全人类。
在短短几周之内，人类就几乎灭绝了，现在只有少量的人类还在御者的帮助之下苟活着，虽然也正是这些御者在一直为异化兽的进化提供最后的资讯。
不久，这个世界上所有的御者的能力都被蜂后收回了，蜂后已经不需要更多的进化材料了，蜂群已经完全超越了人类。
而与此同时，安也在被用特制的电磁武器击晕之后，被梅契尼科夫带走，去了CEP的最后一个堡垒。
在同步轨道上的空间站实验室，普罗米修斯。
在一行人前往一个航天中心的路上，普朗克现身告诉羽才，这一切其实已经不再是梅契尼科夫计划的一部分了，他也发现一切已经失控，他试着想从空间站发射轨道武器，试着引导大气里的海量工程体去将地磁极扭偏，从而将地球上所有的兽形跟人类彻底清空，从头开始，说完他便消失了，也被蜂后所抹去。
而现在唯一前往普罗米修斯号的通道也被他摧毁，唯一的方法只能利用空天飞机飞到高层大气，再弹射到近地轨道试图强行登陆空间站。
羽才一行在经历大量的艰难险阻之后，在人类最后的幸存者们的协助之下，以麟儿和梅达瓦的生命为代价，才终于登上了空间站，与梅契尼科夫和朗道展开最后的对决。
羽才告诉梅契尼科夫，现在地球上所有的御者都失去了能力，梅契尼科夫还能保有自己能力的唯一原因，就是蜂后想要他启动苍穹之眼，所以现在哪怕真的启动了地轴偏转，工程体们也不会被清除，被清除的只会是最后的人类。
然而一番血战之后，羽才战死，梅契尼科夫终于重伤而亡，但凯瑟琳发现他只是一个躯壳，意志早已消亡，而此时苍穹之眼也自己启动了，开始引发地轴扭转，这时凯瑟琳感应到了安的位置，将不成人形的安成功救出之后，安告诉凯瑟琳，一切还有救，只要能够联系上蜂后，这所有的一切都可以阻止，于是凯瑟琳开始试着感应蜂后的存在，失败之后，安利用苍穹之眼的天线，增强了凯瑟琳的能力，并且安也握住了凯瑟琳的手，两人共同努力之下，第二次“神与造物”之间的对话开始了。
大量的争执之后，蜂后最终认为这个世界上只要工程体和人类还有区别，二者就会不断的冲突，最终两败俱伤，她能够消灭这个梅契尼科夫，但后面还可能会有下一个，而且工程体本身也是有自己的缺陷的，现在她只有一个个体的意识，世界上所有的工程体会渐渐进入同质化的死胡同。
但是现在并没有直接的答案，于是蜂后同意了妥协，让人类得到一个“新的机会”，这个故事也就由此开始。