康熙十八年，刘国轩、吴淑、何佑等占据郭塘欧溪头，准备毁断江东桥以攻取长泰。

姚启圣偕赉塔、杨捷及巡抚吴兴祚协力追歼，大败郑锦军队，先后招降官吏400余名、士兵余人。

五月，刘国轩、吴淑等率万余人谋夺江东桥、榴山寨，姚启圣同赉塔、石调声击败之，至太平桥、潮沟，杀敌千余。

康熙十九年二月，姚启圣与赉塔、杨捷、石调声督兵攻复海澄县，提督万正色攻克海坛，姚启圣同赉塔及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路合击，破敌19寨。

另派遣军队渡海，攻下金门、厦门，招降伪将军朱天贵、杨彪等。叙恢复长泰等县功，进封兵部尚书、太子太保。

正当姚启圣迎来人生巅峰之时，他的一些作为也引起了朝臣的不满。

时任左都御史的徐元文上疏弹劾姚启圣，说他“秽绩彰闻，孑身戎行，遂冒军功，以虚词为实事，以干没为己赀”。

徐元文这是在弹劾姚启圣虚功冒赏，侵吞他人财物占为己有，然后拿出来做拼军功的资本。

因为姚启圣发迹之前，只不过是一个屡屡逃亡、曾被革职的低级罪官，哪有钱用来招募兵勇，还养着一个庞大的护卫（史料称姚启圣当布政使时，亲兵护卫多达三千多人）。

此外，徐元文还指控姚启圣私生活糜烂，拆毁民居建筑，佣人上千人，数不清的舞女歌郎。

他年近花甲，还强娶长泰县乡绅戴玑的孙女为妾。最后徐元文给了总结性的建议：

委以封疆，甚非八闽苍生之福，乞部确察严议，以为人臣诡谲行私者戒。

徐元文的这些指控并非是空穴来风，姚启圣自身确实存在很多的问题，其品行也有待商榷。

但在能力方面又很突出，加上这一时期，正是康熙收复台湾的关键时刻。

因此他给了姚启圣申辩的机会，并授予世袭骑都尉，加一云骑尉的世职。

康熙二十二年八月，施琅攻克台湾，姚启圣还兵福州。

在收复台湾的过程中，姚启圣的功劳是不容置疑的，甚至比施琅还要大。

姚启圣即将收复台湾之时，康熙却派了施琅前去主攻。

这相当于变相地架空。攻下台湾后，功劳全被施琅抢走，前期的铺垫也十分重要。

但朝廷和历史对此不管不问，将功劳全部归于施琅。

而施琅却是姚启胜亲手举荐的，心里的各种滋味，恐怕只有姚启圣最清楚。

返回福州后，姚启圣闷闷不乐，不久旧疾复发，病逝福州，享年六十岁。

这实际上也是康熙作为统治者与姚启圣作为臣子之间的“争斗“。

康熙势必要挫一挫姚启胜的傲气，才会毫无征兆地空降一位将领，抢了原本应属于姚启圣的功劳。

然而精明如姚启圣，他也看透了这一点，自己的一生不过都是皇帝手中的棋子。

纵然心怀大清、心怀天下，也逃不过任人摆布的结局。

这场与皇帝的较量中，自己终究还是败了。可试问，古往今来，又有谁？真正迎来了胜利呢？

而在施琅入京觐见康熙，并被封为世袭罔替的靖海侯时，姚启圣已经病逝，享年六十岁。