之后董卓被刺后，李傕等人把持朝政，打算以贾诩为左冯翊，并封其为列侯，贾诩却拒绝说道：“这是我贾诩的保命计谋，哪有什么功劳？贾诩坚决不能接受封任！”

李傕等人又让贾诩任尚书仆射，贾诩仍然是拒绝说道：“尚书仆射是百官的师长，是天下官吏的榜样，我贾诩尚无半点名望，恐难以服众。就算我可以接受官职贪享虚荣，然而这一些国家与天子，并没有半点好处？”

于是李傕改任贾诩为尚书，掌管选拔人才任官吏，其间贾诩常能禀公而行，所选之人皆是有能力的名士，在人事方面颇有贡献，同时受李傕的尊重与忌惮。

后来徐州刺史陶谦，又在再次联合众多诸侯，欲谋划推举朱儁为太师，并向天下发布檄文，打算共同讨伐李傕、奉迎天子。

贾诩与当时的太尉周忠献计，征召朱儁入朝主政，陶谦的计划因此中止。此间贾诩所为，并没有半点危及天子，也没有献过任何毒计，倒是隐隐约约有匡扶天子之意。

兴平元年公元194年，大汉各州郡多处蝗灾爆发，物价暴涨百姓饥困难忍，于是汉献帝下诏，将自己厩马一百多匹全部卖掉，又令大司农出两万匹杂缯，与卖马得来的钱一同赐给贫困饥民，从而缓解灾情。

而李傕却说：“国库储存的物资少，当以军队配用为先，不适合施行救济。”之后强行把天子的东西，带到自己军营中占为己有。

贾诩见此劝说道：“天子年少尚有爱民之心，乃是圣君之姿，我等为臣子不可违背天子之意。”

然而李傕依然不肯同意救济灾民，此时足以说明贾诩也有匡扶汉室的志向，可惜奸臣当道，贾诩为求自保，不敢正面硬抗，之后便失望的辞去官职！

兴平二年公元195年，李傕派部将骑都尉胡封刺死樊稠，促使李傕与郭泛矛盾激化，双方开始交兵而战。

李傕上表贾诩为宣义将军，从相助自己与郭泛相斗，同时又与贾诩商议劫持献帝到自己营中，贾诩却反对说道：“此为决不可行，胁持天子入营，不合君臣道义。”

李傕不给予采纳，仍然命令侄子李暹率数千兵包围皇宫，以轺车三乘迎接汉献帝与伏贵人入营，贾诩担心李傕对天子不利，便与左灵共乘一车随行之后。

张绣曾劝贾诩与自己一同离开长安，远离是非之地以图发展，贾诩却说道：“我贾诩受国家厚恩义不可背，将军可以自行离开，但我不能这么做！”