曾国藩移住安庆后，便就近组织对太平军的进攻。

1861年12月20日，清廷为表彰曾国藩攻破安庆的功绩，为他加太子太保衔，并下旨让他督办苏、皖、浙、赣四省军务。所有巡抚、提镇以下全部归曾国藩节制。

同月，曾国藩在安庆创办内军械所。

曾国藩创建军械所，是借鉴了扬威军的做法。希望能够自己生产枪炮，减少对西洋人的依赖。曾国藩并不信任洋人，所以整个军械所全部是清一色的中国人，一个洋人都没有。

现在，令曾国藩担忧的是，他寄予厚望的左宗棠的楚军，却被扬威军击溃。

更加离奇的是，主帅左宗棠在丽水撤退时，已经逃了出来。由于撤退时，谁也没留意到，左宗棠和他的亲卫居然走散了。既没有被俘也没有阵亡，不知所踪。

这真是奇了怪了。一个大活人，就这么消失了。

曾国藩于是开始调查。发现楚军根本就没怎么和扬威军打，就被当地的官府及民众出卖，莫名其妙就败了。

浙江的军民见到扬威军就望风而降，扬威军根本就不用打，直接去接收。

这让曾国藩最为头痛。所谓得民心者的天下，扬威军吴天佑是比洪秀全危险百倍的人物。

可他上奏给朝廷的奏章，却让慈禧给驳回了。要求他首先对付天京城里的发匪首脑洪秀全。只有灭了天王，太平天国则树倒猢狲散，其余匪首可各个击破，逐一剿灭。

不得已，曾国藩只得让曾国荃快速进军。

1862年6月，曾国荃部直逼雨花台，曾贞干（曾国葆，曾国藩幺弟）也率军赶到。 天京处在湘军直接威胁之下。

着名的天京保卫战正式拉开序幕。

1861年12月，英国海军提督何伯、参赞巴夏礼乘着太平军在长江上游战事失败，安庆陷落的形势，跑到天京提出平分中国，愿帮助太平天国打倒清朝的谈判，遭到太平天国拒绝，双方发生决裂。

1862年春，李秀成在收到了扬威军的30门后装火炮后，决定再次进攻上海。

他先传檄外国侵略者：“倘不遵我王化，而转助逆为恶，相与我师抗敌，则是飞蛾扑火，自取灭亡！”

英国海军提督何伯、陆军提督士迪佛立、法国海军提督卜罗德调集英法军队集中在上海，连同华尔的常胜军、李鸿章的淮军，向太平天国反攻。

三月，洋枪队连陷嘉定、青浦，进犯太仓。自松江、泗泾、青浦、嘉定、宝山、上海连营一百多座，城城都有侵略军把守。

李秀成从苏州亲率精兵前来迎敌，四月初五，双方在太仓大战，英法联军败退。卜罗德被击毙于奉贤南桥镇。

李秀成乘胜直追，把士迪佛立率领的英法联军困在嘉定城内。英法联军从上海派兵来救，又被李秀成打败。

随后，士迪佛立率军突围，为了避免太平军追击，下令焚烧嘉定。这才逃回上海。