袁崇焕斩了毛文龙之后，毛文龙亲信兵丁，汹汹欲乱，只是见袁崇焕号令威严，身边亲兵又严阵以待，都不敢轻举妄动。袁崇焕令东江督府各级官来见，说道：“袁某今日只斩文龙一人，以安海外兵民，这是杀人安人。尔等各将照旧供职，各复原姓，为国报效，罪不及尔，不必忧疑”。

接着开始安排东江善后事宜：将东江兵二万八千分为四协，毛文龙养子毛承禄、旗鼓徐敷奏管、游击刘兴作、副将陈继盛各统一协。毛文龙之职由赵率教担任，全权负责。王正阳任副职，协助赵率教处理岛内一切事务。

第二日，袁崇焕带领诸位岛上官员巡视皮岛，就听得岛上传来阵阵哭声，原来是东江兵将围在毛文龙棺椁之前，放声大哭。毛文龙虽然凶暴跋扈，但对他的义子干孙颇有恩惠，众人见他一朝横死，甚是悲伤。袁崇焕和王正阳等人见了，心里也是凄然。

晚上，袁崇焕、赵率教、王正阳等人，聚在一起议事。袁崇焕说道，“唉，毛文龙能够有今日之结局，实在也是无奈之举。其致祸原因有三，第一乃是阉党乱政之时的无奈之举，为今日留下祸根。阉党猖獗之时，无数官员为求自保，无不献媚邀宠，谁知阉党倒台之后，牵连太多，无数官员各个惶惶不可终日。

第二就是党争之祸，互相勾心斗角，拉拢各方势力，不惜互相倾轧，让一些无辜官僚成了这党争得牺牲品，实在可悲可叹。

第三，就是他咎由自取，终究还是没有把持住自己，让欲望吞噬了自己。

赵率教和王正阳等人听了，纷纷点头。尤其王正阳更是感觉心如刀绞，想想自己，从飞鹰堡到京城，再到这皮岛之上，鹰爪门弟子付出无数得生命，终究也是因为这党争之祸，而不是保家卫国得沙场上，想来这真是悲哀啊。

六日后，袁崇焕命各官祭奠毛文龙。袁崇焕亲自到灵前，跪下祭拜说道“昨日斩你，是朝廷的法。今日祭你，是袁某的情”，说罢泪如雨下，各将官俱落泪感叹。

九日后，袁崇焕前往旅顺。十二日一早回到宁远。惊心动魄的海上之行终于结束。一回到宁远，随即给崇祯上本，讲述了斩帅经过，请皇帝责罚。

崇祯看后，极其震惊。他没想到袁崇焕如此大胆，未经请示竟以尚方剑，杀了声名赫赫的正一品左都督平辽总兵挂征虏前将军印的东江总兵毛文龙。论品级，袁崇焕是正二品，毛文龙是正一品。但是在职权上，袁崇焕统辖四镇，是毛文龙的上司。

袁崇焕虽有尚方剑，但只能斩副将以下，毛文龙绝不在斩杀范围之内，要说有权力杀毛文龙之人，放眼大明国只有崇祯一人。袁崇焕斩毛文龙，属于擅杀，为袁崇焕留下了祸根。

王正阳再次留在了皮岛，率领金志维、杨明乾等人，协助赵率教驻守设防，整顿人马，处理内外。王正阳等人希望有朝一日，再次集结人马，像当年得毛文龙一样，配合袁崇焕整体作战，大破后金军。谁知没等来大破后金军得机会，却先遭遇了一场突如其来的内乱火并。