在路卡利欧的带领下，小智一行人成功进入了世界初始之树。
就在小智和路卡利欧向上前进寻找皮卡丘时，代文琪朵，这个“冒险家”终于化身作死小能手，开始了她的探秘。
“免疫机制？什么意思，我听不懂！”琪朵脸色僵硬的看着真嗣。
“你问问你的管家，到底发生了什么！”真嗣没好气的呵斥。
紧赶慢赶的还是没赶上这女人作死的速度。
正在不断向上奔跑的小智，还没见到皮卡丘的身影，便因为免疫机制的触发，遭遇了冰神柱，雷吉艾斯。
现在对于这三个保安柱子来说，一切外来生命都是不明因素，必须予以排除！
因此，哪怕小智苦口婆心的解释自己没有敌意，还是被雷吉艾斯追着打。
跟在小智身后的路卡利欧虽然有一战之力，不过考虑到这是世界之树的守卫，也不好下死手，只能不断的搓丸子，边打边退～
“看样子，没有办法说服他们，回去吧，再找另一条路！”在路卡利欧的断后之下，小智再度逃了回来。
另外这边，真嗣与小刚一行人也刚刚走出洞穴。
“大家快走，我来找另一条路！”路卡利欧带着众人撤入另一条山洞小路。
没想到，后有雷吉艾斯，刚进山洞又遇上了雷吉洛克和雷吉斯奇鲁…
“琪朵，你看看你造了什么孽啊。”小次郎人都麻了，：“我为什么一定要被三个神柱追的像条狗一样啊……！！”
“快点跑，少bb。”真嗣头疼的留在最后断后。
“利欧路，帝王拿波，你们也一起帮忙！”扔出宝贝球，真嗣紧守队伍末端。
“真嗣，你要快点追上来啊！”小智边走边喊。
“放心，先去找皮卡丘。”真嗣摆摆手让小智不用担心。
而已经发现小智被攻击的皮卡丘，还有这两天一直在当保姆陪皮卡丘玩的喵喵，同样也看到了小次郎。
两个小家伙也开始努力和众人汇合。
直到现在，梦幻还乐呵呵的看戏呢，那真是事不关己高高挂起……
众人通过一座陡峭的石桥，真嗣当机立断，：“利欧路，用波导弹，帝王拿波，用电炮光泽，路卡利欧你也帮忙一起，把桥炸了！”
利欧路凝神静气，高浓度的波导能量被它压缩成能量球，随后猛然双手推出，深蓝色的波导弹激射而出。
路卡利欧同样搓出一颗浅蓝色的丸子扔了出去。
帝王拿波：(￣ω￣;)电炮光泽……咋用的来着……不管了！
只见这货运足全身的钢系能量，猛然从右手抽出一柄钢系能量刀，随后一发巨大的半月形金属斩波便飞了出去，直接光滑的将石桥一刀两断。
路卡利欧：……好强的威力～
真嗣：(O?O)，你他么这是电炮光泽么？
帝王拿波淡定的纳刀，反正效果好就行了呗。
“小次郎！！”前面的队伍突然传来惊呼！原来是世界之树无处不在的蓝色水晶，已经生物化了，这种东西神奇宝贝技能难伤分毫，专门吞噬世界之树的异物。
“到底是怎么回事？”小遥整个人都吓懵了！
“这你们就要多感谢琪朵小姐了，她彻底激活了世界之树的免疫机制。”真嗣吐槽了一句。
轰隆～众人还没说完，背后又传来了响亮的爆炸声。
“切，真是阴魂不散。”真嗣头疼的转头看向众人：“还看我干啥？跑啊！”
路卡利欧和利欧路拦在最后用波导弹拖延敌人的脚步，众人继续往前狂奔。
没想到前方又出现了红色的免疫吞噬体，好在路卡利欧的波导弹是直接针对波导的攻击，可以震碎红色吞噬体。
就这样，路卡利欧在前，利欧路在后。众人继续前进。
“班克斯，帮我们找一条出去的路。”一边夺路狂奔，琪朵一边命令他的管家用卫星定位帮大家找一条可以逃出这里的路。
一个不注意红色的吞噬体陡然包围了启动。路卡利欧眼疾手快，一把将琪朵拽了出来。
随后路卡利欧整个被吞噬体吞了进去。
让人啧啧称奇的是，吞噬体似乎能够识别神奇宝贝，仅仅是包裹住路卡利欧。便缓缓松开。
似乎对世界初始之树来说，神奇宝贝并不算体内的异物或者细菌。
终于，众人跑出了山洞，只不过依然有吞噬体跟在众人身后紧追不舍。不光如此，三神柱也跟了上来。
“这样不行，大家分开跑吧，我去引开那些东西。”关键时刻，方显男儿本色。小智坚定的向众人提议道，由自己去引开那些怪物。
“在你找到皮卡丘以前，我会护你周全。”路卡利欧丝毫不惧的站在小智身边。
“不要看我，我肯定是走危险的那条路，你什么时候见我先跑过？”真嗣笑着回应小智。
“谢谢你们。”小智笑着点头，随后扔出铁螯龙虾与蜥蜴王。“铁螯龙虾，蜥蜴王，去对付雷吉洛克”
“电击魔兽，帝王拿波，把雷吉斯奇鲁和雷吉艾斯拦住！”真嗣也毫不犹豫，派出自己的两员大将。
“电击魔兽用打雷，帝王拿波高压水炮！”远程技能压制一波，真嗣带着小智和路卡利欧快速撤退。
在这期间，红色的吞噬体还在不断搜索众人。
离开了真嗣两人，小刚三人也被红色吞噬体抓住机会吞了进去。
在被吞噬之前，众人纷纷选择放出神奇宝贝，让他们自己逃生。
边打边退的真嗣三人也是终于在山间的水晶通道遇到了皮卡丘。
小智不等真嗣放出比雕，直接冲了上去，在山间飓风的吹拂下和皮卡丘成功汇合了。
“真是冒失！”真嗣无奈的摇摇头，：“比雕，我们去救他。”
坐上比雕，真嗣顶着强风俯冲而下，将小智和皮卡丘成功接住，最后安全降落在地面。
“真嗣～谢啦。”落地的小智开心的说道：“我终于找到皮卡丘了！”
路卡利欧还有幸存的琪朵，众人都向着小智这边聚拢过来。
“皮卡丘，这是路卡利欧，还有琪朵小姐，大家都是来救你的哦。”小智热情的给皮卡丘介绍了一番。
“皮卡丘…～”皮卡丘举起小手手，跟众人挥手。
“缪～”正在这时，梦幻和喵喵也跑了过来。
“梦幻？”众人惊叹一声。
“哎呦～还有我啊喵～梦幻只是想跟皮卡丘玩而已喵～”喵喵给众人解释。
“缪～缪缪～”看到这么多人，梦幻开心坏了不停的在大家身边飞舞。
“雷吉……”就在大家松了一口气的同时，雷吉艾斯也从山洞里钻了出来，找到了众人。
“我想我们还是先撤为妙。”琪朵有些害怕的建议道。
众人闻言，再度朝着一个山洞里扎了进去。
没想到，一进山洞，数量庞大的红色吞噬体便涌了出来。
“大家……都已经被那个吞进去了。”琪朵恐惧道。
“什么？！连小次郎也～”喵喵惊讶的问道。
“往这边走！”路卡利欧辨认了一下方向，带着众人继续奔跑起来。
另一边班克斯也提醒道：“大小姐，可以出去的地方，就在更上面一点！”
“知道了！”琪朵点点头，众人朝着可以看见太阳光的地方卖力的跑去。
没想到，众人刚走进看似有太阳光的洞穴，就看到了一束巨大的蓝色水晶花，而阳光正是从花心照射进来的。
红色的吞噬体再次袭来，真嗣直接急用比雕飞到了半空。
“大家！”路卡利欧一惊，却被雷吉斯奇鲁抓住机会一把捏在了手里。
情况危急！！
小智同样被吞噬体拖进了包围圈，最终消失在皮卡丘眼前。
“可恶～！这棵树也太难缠了吧。”真嗣落地。