爱因斯坦决定亲自进入海渊之眼寻找渴望宝石，却在出发的前一天晚上撞见可可利亚与灰蛇的碰头，灰蛇一发柯尔特将其击晕藏了起来，并开启了海渊之眼，导致海渊城周围的崩坏兽暴走。

混乱之下，布洛妮娅独自进入量子之海。看到这一切可可利亚后悔莫及，灰蛇嘲讽道“你可真是一位‘杰出’的母亲。”可可利亚大怒，拿枪指着灰蛇，扬言要送他下地狱，但却被突然出现的“第二个”灰蛇击伤。

德丽莎和阿琳姐妹赶到救下了可可利亚，两个灰蛇向自己注射胡狼研究的药剂，成为两只崩坏兽（阝氵氵和可显皮），并合二为一变成崩坏兽阿湿波，吞噬了莉莉娅。

之后，德丽莎使用了血骑士的真正形态——暮光骑士·月煌，击退了灰蛇。

在蛇归来后，灰蛇将天火圣裁呈上，庆贺蛇的回归。

天穹流星事件后，琪亚娜被幽兰黛尔带到北非关押起来，此时基地却被世界蛇入侵，凯文亲自带队并与幽兰黛尔一战，但却被奥托·阿波卡利斯打断。

后来奥托与凯文谈判，灰蛇等干部则在一旁压阵，准备一旦谈判破裂就在此与天命开战。

后来谈判顺利结束。 之后琪亚娜用空之律者的能力穿越到长空市，追踪琪亚娜而来的芽衣意外与渡鸦碰面，于是两人一起寻找琪亚娜，找到琪亚娜后合作关系破裂，两人开始抢夺琪亚娜，但是渡鸦在看见芽衣展现出雷之律者残留的力量后主动将琪亚娜让出。

灰蛇得知后前来兴师问罪，想要惩罚她。渡鸦却说出了她的计划......

在第十二律者事件中，一个引导机器人诞生意识，觉醒为律者——侵蚀之律者。得到消息后的世界蛇派编号「」的灰蛇与渡鸦合作将其带走，随后销毁了侵蚀之律者的所有备份，并以这个灰蛇的身体为黑匣子将其本体封印，最后由渡鸦使用「黄泉之杖」进行消灭。

但事实上早在此之前侵蚀之律者的意识便在崩坏意识与芽衣对峙时附在芽衣的身上，并随着芽衣进入了往世乐土。

十二律者被「往世乐土」讨伐后，世界蛇正式启动圣痕计划，将圣痕觉醒者集中在月球上的「新亚特拉」，包括「巢」里的孩子，前任渡鸦、胡狼、克莱茵以及三位灰蛇——1904号（老父亲）、号（诗人）和号也被传送于此。

在此期间三位灰蛇以及前任渡鸦负责照顾孩子以及与孩子们玩耍。

为了克莱茵不在十年或者二十年之后变成一堆废铁，灰蛇以主控枢纽能源不足为由，让希儿取来了电池给克莱茵。

在名为「星球目录」的「圣痕计划主网」中也有一名金色的灰蛇留守，自诩为「管理者」。

这位灰蛇管理员坚定地拥护圣痕计划，并认为「他们（灰蛇）」是更先进的生命，让人类学习他们是人类唯一正确的演化方式，并想要让所有觉醒者的圣痕都产生意识，并取代他们原有的意志。

于是，他在雷电芽衣身上进行试验，将芽衣拉入了梦境，但后被偷偷潜入主网干扰圣痕计划的爱衣·休伯利安Λ发现，于是管理员现身与Λ对峙。

令他感到有趣的是，即使他进行了细致的调查，也只是知道Λ的所作所为，却仍然对Λ的来历毫无头绪。

Λ也对管理员那蔑视生命的思维表示厌恶。两「人」在人类的价值这一问题上争论了起来，Λ将萝莎莉娅在梦境中送给她的糖果扔向管理员，用糖果向他说明圣痕计划所制造的梦是如何的脆弱。

管理员对此不屑一顾，直言“圣痕计划绝不会失败”才是他扞卫的真理，「旧人类」的未来他并不关心。并在他们说话期间，根据Λ的发言使她被圣痕计划视为「人类」并将她与其他人一样困于梦中。

灰蛇管理员对Λ的下场表达了遗憾，觉得他们本可以有更多值得交流的话题。

而陷入梦境的芽衣在维尔薇本体在往世乐土留下的信标帮助下成功从梦境中脱身。随后芽衣等人根据信标进行「探索始源」的方案，进入了星球目录，并在众人协助下，芽衣成功进入了维尔薇留下的「后门」。

发现这里空无一物后，芽衣遇到被灰蛇管理员派来的渡鸦。两人聊过后又打了起来。

渡鸦虽然又战败，芽衣却也因疲劳而精神出现破绽再次被梦境捕获。

灰蛇管理员也因渡鸦在聊天过程中给予了芽衣提示而认为渡鸦背叛，并对她说如果芽衣成功逃出将杀死她。

芽衣在与自己的第二人格和解后逃了出来，并与管理员在星球目录中展开战斗。

而此时，在月球上的1904号却策反了对新版圣痕计划恨得切齿拊心的胡狼，胡狼烧毁了自己的圣痕，为1904号伪造了「灰蛇网络」的管理员权限，让1904号得以毁灭「灰蛇网络」。这一切又在先前Λ为管理员送上的「糖衣炮弹」的帮助下更快地实现。

在「灰蛇网络」的最后时刻，1904号与管理员灰蛇对峙，1904号痛斥了管理员那傲慢的想法，认为圣痕计划中帮助人类摆脱童年的部分确实是他们共同的职责，但管理员却愚不可及地搞错了对象，让在圣痕计划中沉睡的人类学会分辨梦境与现实的界限、让「灰蛇网络」崩溃都是能让人类摆脱童年的功业。

最后1904号向管理员告别，走向了无人知晓的未来。

“ （让灰蛇）从乌合之众走向独立自主、从工具走向「人类」......十分美好的祝福，不是吗？ ——哪怕为此牺牲的，是我与你 ”