当她在Rc细胞研究上遭遇难题，也会主动指出给她解惑，两人完全就像是平等的学术交流。

甚至有次灰原哀激动地厉声反驳完神代伊生的观点后才后怕地想起自己的姐姐还在对方的手上，而神代伊生丝毫没有生气，仍然平静理智地和灰原哀探讨，面对灰原哀指出他的错误，他也会虚心接受，经过认真实验分析后承认灰原哀的正确。

灰原哀经过这段时间和神代伊生的几次相处，明确认知到神代伊生完全就是个科研疯子的同时也不得不承认神代伊生在日常上是个很容易相处的人。

于是在几番踌躇思索后，她咬着牙向神代伊生提出了断开联系的想法，同时请求神代伊生能继续对组织保守她姐姐还活着的消息。

按理说神代伊生就是瞒着组织偷偷保下的宫野明美，他们属于一条绳上的蚂蚱，哪怕为了自己，神代伊生都不会暴露出宫野明美还活着的消息，但灰原哀主动提出这一个请求，是在暗示就算她被抓回了组织，也不会揭露这件事。

灰原哀不清楚神代伊生会不会保护她，救她姐姐还能说是因为她姐姐在组织眼中已死亡，可救她就会跟组织对上，除非她能够隐姓埋名转入地下，那也意味着她再次失去自由，这是她不愿的。

她和她姐姐的处境好似完全相反了过来，宫野明美被困在了医院，她能自由活动却不能舍弃姐姐。

神代伊生除了要求她不要向柯南与阿笠博士透露他的组织成员身份外，就没有主动限制过她，但是只要宫野明美还没康复自由，灰原哀在心理上就受限于神代伊生，她只能不断展现出自己的价值与她对宫野明美的重视，以此获取她们姐妹活下去的机会。

即便神代伊生告诉过贝尔摩德回日本常驻的消息、提前告知她可能会有组织成员出现在帝丹高中的游园会上，灰原哀也不能全然断定神代伊生就会在组织面前保护她。

毕竟就算她被抓回了组织，神代伊生依旧可以用天万利的身份继续接近她。

神代伊生对灰原哀的想法微微思索了一会，就默许放任了。

他知道组织对雪莉的态度是活捉为主，只有灰原哀直面贝尔摩德和琴酒时才可能会有生命危险，作为这世界唯一一个能制作出A药解药让柯南变回工藤新一的角色，她必然会活到制作出解药的那一天，这是剧情发展设定的需要。

要是灰原哀提前死亡下线，那便说明剧情不复存在，或者是因为他取代了灰原哀成为了能制作解药的角色。

神代伊生亲身实验过主角光环的存在，倒是不知道配角身上有没有光环护体。

他想过要不要尝试亲手把主角杀死，可看到工藤新一那稚嫩平和的睡颜后他犹豫了。

在上一个世界里，尽管有他屡次提醒，让安久奈白与安久黑奈以保护自身为主，可安久奈白依旧死在了铃屋什造的手上，当时他就不禁陷入了剧情是否不可改变的迷茫中，甚至产生了杀掉主角破坏剧情的念头。