玛格丽特·帕兰斯基说的消息其实也是她刚刚才得知的。

由于神圣奉献舰队的突然袭击，整个新蒙巴萨地球落入了星盟手中，星盟派出了包括“快速调整“在内的七名工程师前往奇科旺地铁站搜索蒙巴萨城地下的先行者建筑。但是另外六名工程师选择解除快速调整身上的炸弹释放了他。而这六名工程师惨遭杀害，快速调整则成功逃进了蒙巴萨城的数据中心。

丹尼尔·恩迪沙博士目睹了这一事件并且命令城市中控电脑的子程序维吉尔追踪快速调整。星盟随后发现了快速调整的叛变，并且派兵前往数据中心准备杀害快速调整防止他逃往UNSC。

于星盟已经占领了城市，悲怆先知留下来的巡洋舰开始挖掘由跃迁跳跃产生的坑洞附近的区域。A-9小队的成员现在是还留在蒙巴萨城里的为数不多的幸存者。

一开始空降的时候A9小队因为悲怆先知的超空间跃迁引起的EMP，整个A9小队被冲击波打的四处分散，直到他们集合的时候依旧缺少了A9小队的新兵J.D 以及爱德华·巴克的前女友，伊丽莎白·黛尔。经过了一系列战斗，爱德华·巴克和自己的队员抵达了城市东北海防堤附近的奇科旺地铁站。

但他们发现地铁站及其周边区域已经被海水淹没。从隧道中撤离也变得不可能。随后爱德华·巴克看到了远处的星盟运输机，他突然灵机一动，带着自己的小队准备劫持一架魅影号运输机。

他们在一处星盟运输机停靠的平台上对星盟部队发起了突袭，很快就把这架运输机夺了下来同时巴克顺便还夺走了一架妖姬战机。完成了计划之后由巴克驾驶妖姬战机为魅影号进行护航，A9小队装作星盟部队悄悄地离开了战场，就在他们即将离开城市地时候，驾驶着妖姬号的爱德华·巴克看着中控电脑数据中心地建筑物。他忽然意识到了自己的女友伊丽莎白·黛尔在哪了，于是他调转方向朝着电脑数据控制中心飞去。

同一时间中，那个失踪的A9小队新兵JD从自己的降落舱中醒来，他发现整个城市仿佛变成了一片死域，就在他想办法搜寻同伴信息的时候，一个名叫维吉尔的城市AI给了他帮助，不过这个AI也要求他前往数据中心。

没办法谁让一个AI程序的优先级比他一个新兵高，于是JD根据维吉尔提供的帮助穿过了半个城区，这期间他打过咕噜人，炸过鬼面兽，然后在一处地下设施中和爱德华·巴克的女朋友伊丽莎白·黛尔汇合，JD从伊丽莎白那里得知两人的目标是相同的，于是两人穿过慢是兵蜂的地下，最后来到了数据中心。

此时的数据中心里到处都是正在寻找什么的星盟部队，两人费劲九牛二虎之力解决了星盟部队，终于来到了维吉尔的目标地点，打开安全屋后JD惊讶的发现，他们的目标是一个星盟的工程师。

工程师这种生物其实不算是星盟种族，他们是先行者在第一次启动光环之前创造的，外表为粉红色和紫色。工程师没有真正的身体组织和器官，给他们足够的原料，工程师就可以开工干活。

工程师在光环启动后的大劫难当中幸存下来，后来被星盟的先知发现并加以利用。他们是非战斗单位，责任就是维修战舰及设备。在被人类捕获后稍加引导即可修理人类设备。面对像机器一样的工程师，星盟也并没有给予太高的地位。