随着针对叛乱分子的战争不断升级，UNSC在“投石机”行动中加强了反叛乱行动。

事实证明，猎户座项目在反抗武装袭击整个殖民地的战斗中发挥了关键作用，叛乱分子一旦出现，猎户座项目的士兵就能把他们干掉。

然而随着时间的推移，叛乱分子的攻击变得更加有针对性和效率，叛乱分子更加难以根除。

在接下来的几十年里，这些殖民地叛乱分子变得更有组织，更难对付。

尽管常规军事人员和猎户座项目的士兵们都尽了最大的努力，但叛乱和爆炸仍在继续，平民陷入了这些冲突的交叉火力中，伤亡人数开始呈指数级增长，这也给许多殖民者对UNSC的仇恨火上浇油。这不得不促使UNSC招募更多的士兵加入到猎户座计划，达到顶峰时共有现役人员300人。

虽然猎户座项目作战人员继续证明着他们的强大战力，但一些老的义务兵却开始表现出缺陷，这些缺陷被伪装成自然缺陷或来自战争的压力。

许多猎户座候选人表现出创伤后应激障碍或表现出叛乱分子的同情心，后者在强化后便拒绝参加该项目，随后自然也被监禁。

尽管猎户座项目的士兵以高效闻名，但猎户座项目的能力的结果仍低于科学家的希望。由于候选人的年龄和对特定基因序列的基因筛选不足，基因修改带来的改进微乎其微，而注射的免疫抑制剂则在大多数受试者中失败，这对猎户座项目的许多人员中造成了不可逆的基因断裂和退化。

2502年，“万花筒行动”(UNSC平定人类殖民地叛乱的整体计划的一部分)开始实施。许多“猎户座”项目的超级战士被派去压制各个叛乱分子的据点，但关键目标之一是消灭“分离主义联盟”的领导人杰罗德·穆基·安得尔。

2502年3月13日，安得尔被猎户座下士艾弗里·约翰逊刺杀。随着安德尔的死亡，分离主义联盟瓦解了，但他的死亡并没有阻止那些希望摆脱UNSC控制的人，反而加强了殖民地起义运动的决心。

虽然万花筒行动给了叛乱分子沉重的打击，但行动的总体战略未能使殖民地平静下来。更糟糕的是，一些年长的猎户座士兵开始出现从身体到精神疾病的严重副作用。除了UNSC正在使用的无效战略外，猎户座项目的价值也在继续下降。坦格尔伍德行动也是猎户座项目的最后一次行动。

猎户座项目在2506年被悄悄终止，165名幸存成员被重新分配到军队中的其他特种部队中。然而，这些士兵经常表现出副作用，因为他们的强化和精神不稳定导致许多成员被开除出了军队。

为了确保绝对保密，基因强化所引起的副作用被掩盖为一种被称为伯伦氏综合征的疾病。许多猎户座士兵也都退休了，有些人最终还有了孩子。

但他们的后代必须接受特殊药剂的注射，以确保他们没有健康缺陷不过许多前猎户座项目的超级战士也能够比大多数普通人类在现役中服役的时间更长，以艾弗里·约翰逊为例，他继续在该项目被关闭后的40多年里仍一直在战场上战斗。

在猎户座项目中使用的强化技术在后来的斯巴达II期计划及其后继计划中得到改进。猎户座计划中强化的许多失败都归因于候选人的年龄:作为成年人。他们的身体无法接受这些强化，且得到的强化效果比预期要少。不过这一障碍后来在斯巴达IV期项目中被克服。