既然福建官府愿意主动出力解决海汉力有不逮的后勤运输问题，那么海汉这边也的确就没什么其他的后顾之忧了。剩下来需要讨论的，就是双方如何在行动当中能协调一致，做到令行禁止。
这种跨阵营的指挥体系在大规模作战中无疑是一个难题，而且此次战场是无边无际的大海，各支部队之间的联络通信手段往往只能依靠旗语和烟火，战场上的沟通效率也会受其影响。去年两次在南日岛海域作战期间，海汉海军和福建水师多数时候都是分开行动，一个很重要的原因就是因为双方在指挥体系上的差异没办法在短时间内得到融合。
不过南日岛战役之后的半年多时间里，福建水师倒是有了不少机会和驻金门岛的民团海军一起合练。加上福建明军中本来就有不少将官曾经接受过海汉的短期军事培训，合练起来进度倒也不慢。时至今日，提前数月到金门岛与海汉海军合练的数艘海汉造战船已经基本能够跟上海汉的节奏了。
但这也仅仅只是福建官府此次参战的其中一支军队而已，此次将要出动参战的船只将多达三百余艘，与海汉海军提前进行过合练的不过十之二三。当然了，福建水师并没有这么多战船可用，其中有一多半是从漳泉两州临时征调的民船，在战时充当运送士兵和物资的工具。而这些临时征调的船只在此之前并没有经过专门的训练，福建水师所能做的也就只是派出一些水兵到这些船上去担任领航和指挥。
如果在海上爆发大规模的混战，这些船只未必能如臂指使地发挥出应有的作用，反倒是容易因为沟通不畅而拖了自己人的后腿。因此在开战之前，双方就必须要先商定一些战时沟通、辨识身份以及处理突发状况的办法。
4月17日，福建明军的参战部队也基本完成了集结，水陆两军都已经在中左所做好了开战前的准备。而福建官府为此所调集的各种作战物资，也正源源不断地送抵中左所和金门岛两处军事基地。
近日漳州泉州的大规模人员物资调动并没有进行掩饰，而这样的大动作也瞒不过海峡对面的澎湖。事实上在海汉大部队开进福建当天，就已经有消息传回到澎湖。
海汉民团大部队的到来对于十八芝来说绝对是一个坏到不能再坏的消息，尽管在此之前郑芝龙等人对于局势恶化到这样的程度已经有了一定的预计，但心里难免都还存有一丝侥幸，认为海汉的动作或许不会这么快。当这天真正来到的时候，十八芝上上下下还是陷入到了难以抑制的恐慌之中。
在消息传开的当天晚上，就有三艘船无缘无故地从马公港消失了。虽然这些人没有在离开前留下只言片语，但留下的人却在纷纷传说离开者就是为了逃避海汉人即将发动的进攻。十八芝的头目们并没有及时对这样的传闻进行管制，然而过了一夜之后，马公港又少了几条船，而这次偷偷溜走的家伙不但带走了船，还打着郑芝豹的名号从岛上的粮仓提走了三千斤粮食。
郑芝龙得知之后自然是大发雷霆，一面派船追捕逃走的属下，一面将郑芝豹叫到书房狠狠地训斥了一通。训完自己兄弟之后，郑芝龙倒也没忘了亡羊补牢，下令澎湖所有港口码头进行管制，没有郑芝龙的手令，任何人不得驾乘百料以上的海船出航。
郑芝龙现在的处境的确十分艰难，虽然已经与各个大头目商定了撤往海外，但撤退计划一直未能完全定下来。毫无疑问，对岸如果知道十八芝选择撤离，很有可能会衔尾而至，趁十八芝撤退期间发动进攻。而十八芝在澎湖有上万属下，加上家属足足有三万人上下，并不是一朝一夕就能全部撤走的。留下来垫后的，很可能就会被对岸的大军给堵在澎湖。
为了能够早日定下撤退的计划，郑芝龙不得不自己先站出来，从他的直属人马中抽出一千人负责垫后，而其他各家头目则通过抽签的形式，抽出四家来再凑一千人，总计两千人留在澎湖主岛上，作为最后一批撤离的人员。同时郑芝龙也特地派了数艘快船前往漳泉附近海域，监视联军的动向。
而海峡对面的联军自然也没有闲着，加紧了在海峡内的巡航力度，双方在四月中旬的短短数天之中，就在海上交手了好几次。不过十八芝一方明显吃亏多一些，因为联军派出来巡航的船只几乎都装备了产自海汉的火炮，而十八芝的侦察船为求轻快，船上基本不会配备任何重武器，双方一旦接近到一定的距离，联军一方的火炮就会让十八芝的海船尝到只能挨打不能还手的滋味。
到四月下旬，十八芝的船已经不敢在白天靠近金门岛附近海域进行抵近侦察，只能选择入夜之后才从比较远的地方驶到近处进行观察。这样的侦察效果自然好不到哪里去，只能大致地判断出联军一方的舰队规模。郑芝龙所获得的报告，也只是三百到五百艘船这样一个比较模糊的数字。
尽管十八芝手头可用的船远远不止三五百艘，但郑芝龙也明白自家的船跟对手的船比起来并不在一个实力层面上，南日岛的教训已经充分表明了双方的实力差距，郑芝龙也并不打算再用自家的海船和儿郎白白去给对手刷战绩了。
四月底，去琉球和浙江考察环境的两支船队也先后回到了澎湖。浙江方面传回来的消息让十八芝的大头目都是心中发凉，沿海岛屿较多的台州府、宁波府都加强了对近海的防御力度，甚至要求岛上的住民暂时回迁到大陆上，避过这段风头再说。而浙江方面的反应如此之大，据说就是来自于福建官府向其提供的资料，表明了十八芝将在四五月之间攻打两省的松门卫、昌国卫、观海卫等地。