得到雷神之心的斯卡拉姆齐与愚人众大部队断联，去向不明。为追回雷神之心，愚人众派出执行官末席“公子”达达利亚前往稻妻寻找斯卡拉姆齐，但并未获得与有关的线索。
离开稻妻后，斯卡拉姆齐与多托雷达成合作。多托雷带着斯卡拉姆齐回到须弥，并说服教令院六贤者创造属于自己的新神[19]。教令院首先花费许久，以少年精妙的仿生人偶躯体为基础，建造所谓“神明的躯体”；又利用花神诞祭的轮回收割梦境，最大化虚空终端的输出功率。同时在多托雷的帮助下，最高输出态的虚空，成功导出了神之心蕴含的力量，使之成为“神明的核心”。
随后，贤者们提出，要令新神拥有神明的智慧，需要大量神明罐装知识。他们认为导致学者发疯的知识研究了数百年都无法读懂，肯定是神明才能解读的知识，也就是智慧之神全知全能的来源。故教令院在阿如村外建立魔鳞病医院，从流放到阿如村的疯学者大脑提取神明罐装知识。
当旅行者从多托雷的部下手中保护新神的“第一个信徒”海芭夏时，突然与斯卡拉姆齐连接了意识。他与旅行者在意识中对话，原来教令院的造神计划已经接近于完成，并表示自己成神后对旅行者及诸事诸人的不屑，自己不在乎接受神明罐装知识的风险，即使自我被抹去也要登神。
在旅行者救出纳西妲后，二人与派蒙一同前往净善宫深处，解决意图成神的斯卡拉姆齐。在深处，旅行者与纳西妲果然碰到了近乎成神的少年，他以神之心作为能源操控，以巨大的机关身体为躯，作为神之机械正机之神的中枢，并对众人展开攻击。
正机之神强大无比，一度击倒旅行者并抓住纳西妲，夺走纳西妲的神之心，但纳西妲利用自己的能力用梦境模拟了上百次与正机之神的战斗，在经历了168次被击败、夺走神之心的轮回后，纳西妲将战斗得到的数据上传至新式虚空终端，集合须弥民众集体的智慧，找到了对抗正机之神的策略，帮助旅行者打败正机之神，并亲自将其体内神之心取出。尽管中心处的少年歇斯底里，以咄咄逼人的气势进行威慑，但情绪失控、背后仍然插有导管的情况下强行冲破机甲头盔，不顾一切地试图夺回神之心，最终失去导管支撑的他行动力如出生婴儿般，坠落至地面，陷入昏迷。在集合两颗神之心的力量治愈了世界树后，纳西妲将失去意识的少年如一片羽毛般藏起来。
被击败后，力量大减的国崩与纳西妲达成协议，以自由为筹码，让国崩前往世界树调查有关旅行者血亲及降临者的相关线索，因自身还残留着一些成神时的神力，被愚人众抛弃的少年也需寻求新的庇护，故选择接受筹码。在旅行者和派蒙的监督下，前往世界树中心，检索血亲的信息。在世界树中央，国崩接触到了被小吉祥草王置于信息流中的“真相”。秘密原本被藏匿在“博士”的某一颗心中，如小吉祥草王所说，他仅存的诚实正在于这第一视角的真相内：
500年前，埃舍尔提供的技术确实能够提高产量，却也会最大程度地激化晶化骨髓中的祟神之力造成污染。而丹羽久秀也并未潜逃，在倾奇者离去后，与埃舍尔商谈锻刀所需矿石开采的事，因为炉心被邪祟污染，丹羽久秀没有同意决定牺牲倾奇者来探索炉心的过分要求，但自从埃舍尔来到踏鞴砂的那天起，丹羽久秀就在派人调查他的身份，最终得以确认枫丹并不存在这一人物。
丹羽久秀在进入炉心前，向埃舍尔发出了质问，即使清楚对方心怀鬼胎，但他还是不明白埃舍尔究竟所图为何。而埃舍尔则是一直面带微笑的听着丹羽久秀的发言，看到对方准备离开，才缓步上前，从身后刺杀了丹羽久秀。
看着奄奄一息的丹羽久秀，埃舍尔这才卸下伪装，原来他就是“博士”多托雷，并道出他的意图。并且被放入装置中的那颗心，并不是仆从的心，而是丹羽久秀那颗被生生剜下的心脏。
一切真相都被展现在眼前，无法释怀的背叛是一个巨大的谎言，曾经的好友也从未改变真心，国崩被多托雷蒙蔽伤害，之后又蒙蔽伤害他人，诸多悲剧因自己而生，空虚与悔恨在国崩心中咆哮。在与身为降临者之一的旅行者于意识中交流一番后，国崩猜测到“历史有被改变的可能性”。看着面前的世界树，国崩做出了一个决定。凭借在造神实验中获得的残存权能，国崩跳入世界树的洪流之中，尝试抹除自身存在，改变过去那些因他而来的不幸。
抹消之后第二天，除了旅行者外的所有人，包括派蒙和纳西妲在内都把国崩遗忘了。旅行者生怕国崩改变世界树的记忆会导致一些人消失，连忙回到了稻妻。到锻冶屋天目十五处询问雷电五传的事，而那个报复了五传的人也从国崩变成了一名百目家的刀匠，历史内容也被略微修改。在社奉行，得知神里兄妹依然还在。而在踏鞴砂，枫丹商人泽维尔也说了他所知道的历史，进一步验证了世界的记忆已被改变。
旅行者回到净善宫内，纳西妲果然也被修改了记忆。在经过一番解释后，纳西妲也差不多搞清楚事情的原委。而纳西妲在世界树里寻找线索时，果然找到了自己被修改记忆前留下的后手，里面是之前留下的记忆。尽管因为世界树的影响，这份记忆也被修改为童话风格，但纳西妲还是用此恢复了记忆。
但即便如此，国崩仍是下落不明。思绪很乱的旅行者打算去大巴扎散心，没想到遇到了一个跟国崩相貌一致的少年，少年自称“流浪者”，在旅途中被商贩所救，为报答摊主，流浪者留在水果摊为摊主无偿工作。而他因失去记忆，身上完全看不出国崩曾经的戾气。旅行者与派蒙跟踪流浪者到达野外，没想到被流浪者发觉。
三人一番交流后，旅行者带着暂时信任自己的流浪者来到净善宫。纳西妲跟流浪者简单解释了他的过去，但流浪者执意要搞清楚他全部的身世。而在先前国崩进入世界树前，纳西妲就提前保留了一份贤者们造神之时为控制新神留存的记忆，并用童话故事的形式加了一层保护，使其免受世界树变动影响。纳西妲以此为基础创造了一个足以让流浪者恢复记忆的梦境。由旅行者与派蒙陪同下，在记忆之中，流浪者看到了自己身为人偶的过去。从苏醒，到与朋友相遇，再到加入愚人众。
在梦境的终点，应流浪者的要求，纳西妲将这份记忆交给流浪者。因一时接受了巨量信息，流浪者的精神受到冲击而陷入暂时的混乱。正在此时，正机之神的记忆又在梦境中复苏，并向众人发动攻击。当难以招架之时，流浪者听到风的声音。不知从何处来，却奇异地转变了方向，迎接着他。他从风中闻到令人怀念的古老味道——铁锤、金属、火炉、尘土。瞬息之间，流浪者窥见了自己的倒影。每一个都无比鲜明，每一个都是真实的他。在他闪电般行动起来的刹那，一道璀璨的光挡下了正机之神的攻击。他的意志与选择唤来了神的目光。一枚风属性神之眼出现在他的面前，借由神之眼的力量，流浪者击败了幻境中的机甲。
三人走出世界树后。流浪者表示会向愚人众讨回一切。以及，因五传的后人有了解真相的权力，流浪者托旅行者可告知后人们真正的事实并随时可以找自己复仇。至于自己，宛如重生一般的他以流浪者的新身份暂时在须弥停留，并决定作为须弥黑暗中的助力，与众人同在。