众臣告退。

随后几天，阿拉丁连发数道圣旨，布置决战和防御事宜。

第一道圣旨发给阿勒巴儿汗，命他任撒马尔罕保卫战的主帅，负责全城防务。阿拉丁同时任命了两名能征善战的突厥将军为副帅，协助阿勒巴儿汗守城，一名叫巴力失马思汗，其名称的意思是不喜欢和平，喜欢战争的汗；一名是撒尔昔黑汗，其名称的意思是坚强勇敢的汗。

阿拉丁还是不太相信扎木合，毕竟他是蒙古人，而且来路不明。不过还是任命他为副将，协助阿勒巴儿汗训练士兵。

阿拉丁最信任的人还是怯失利汗和帖木儿蔑里大将军，可惜他知道此时怯失利汗正在与蒙古大军酣战。帖木儿蔑里虽然初战告捷，但是也知道忽毡城这样的小城无论无何抵挡不住蒙古大军的进攻。

阿拉丁第二道圣旨发给驿马大臣，命他即刻派人到印度等地购买大象。驿马大臣是花剌子模专门修建驿站、征集马匹的官员，此时的驿马大臣是兀剌黑汗，也是阿拉丁的心腹大臣。

第三道圣旨发给牧业大臣，命他带人到西部地区征收骆驼，征收以后一边训练一边带回撒马尔罕。此时的牧业大臣是塔海汗，是阿拉丁一位王妃的弟弟。

第四道圣旨发给生产大臣，命他组织军民到撒马尔罕附近查找矿井，挖掘火油，并搬运至城墙上。

第五道圣旨发给兵工大臣，命他组织工匠，根据帖木儿蔑里送来的重兵器车，研发、打造更多的重兵器车。

为了心无旁骛的备战，阿拉丁还把自己的十几位妃子、几十名王子公主送往旧都玉龙杰赤，交由秃儿罕太后保护，自己只带王储兀思剌黑和大王子扎兰丁守城。

阿拉丁指挥所有文武大臣、二十余万军队、四十多万预备军以及撒马尔罕全城百姓，精心准备着撒马尔罕保卫战。