成吉思汗说，可以，只要你们打开城门，迎蒙古大军入城，我可以赦免那些确实没有抵抗蒙古大军的百姓。

副教长见成吉思汗说的话模棱两可，有些迟疑。

成吉思汗不悦的说，趁着黑夜，你快返回城内吧，明天上午必须打开城门，否则破城以后，鸡犬不留！

副教长只得离去，在信徒守军的协助下又返回城内，并向教长禀报了和成吉思汗面谈事宜。

九月初五上午，伊斯兰教的撒马尔罕教徒趁撒马尔罕守军不备，打开撒马尔罕东门，迎蒙古大军入城。

蒙古骑兵首先进入城内，然后迅速攻上城墙，剿杀城墙上的撒马尔罕守军。此时的撒马尔罕守军都是些预备军，没有什么战斗力，根本抵挡不住蒙古骑兵的猛烈进攻。阿勒巴儿汗等将只得率领守军一边抵抗、一边向花剌子模王宫撤退。

经过一天一夜的战斗，至九月初六凌晨，蒙古大军全部进入城内，并开始在城内清理残军和百姓。那些伊斯兰教徒及其家人大约五万余人被命令呆在家里，其余百姓全部被赶到城外。然后蒙古骑兵挨家挨户进行抢掠，有很多城内百姓，害怕出城后被饿死冻死，心存侥幸不想出城，就躲在家里的地窖里，被蒙古骑兵发现，全部杀死。

在剿杀撒马尔罕守军时，蒙古骑兵发现了在城里流窜的二十多头大象，但是背上的训象师和骑兵已不知所踪，便禀报成吉思汗如何处理。

一旁的察合台说，这些大象踩死我们很多士兵，就让我带领重兵器车兵把它们都杀了吧。

成吉思汗说，这些大象又不是人，只是受人驱使才来进攻我们的，就把它们赶出城去，让它们自生自灭吧。

于是这二十几头大象被蒙古骑兵用弓箭赶到城外。但是因为撒马尔罕附近只有沙漠没有草原，这些大象很快就被饿死了。