成吉思汗得知这一情况后，随即下令，蒙古骑兵攻进入百姓家中后，采取“宁可错杀一千、不能放过一人”的政策，不分夏军还是百姓，全部杀死。这实际上是一道变相的“屠城令”。

昔里钎部还在府衙抱着昔里沙痛哭时，昔里答尔跑了进来，也抱着昔里沙一阵痛哭。

哭了一会儿，昔里答尔对昔里钎部说，叔叔，蒙古骑兵开始在城内屠杀百姓了，马上就要屠杀到我们部族住的地方了。

昔里钎部叫来自己千人队的副千户长说，这是我的侄儿，他带你们去昔里沙部族居住的地方，把他们的族人保护起来。

该副千户长为难的说，千户大人，成吉思汗刚刚下达了命令，要把和夏军有关的百姓全部杀死，昔里沙部族里肯定也有加入夏军的，将军让我们保护他们，不是让我们违抗成吉思汗旨意吗？

昔里钎部说，你们先帮我保护起来，我这就去请成吉思汗旨意。

昔里钎部找到成吉思汗说，成吉思汗，我大哥昔里沙本已决定投降大蒙古国，是那个拓跋余哥杀死我大哥，改变投降我军的决定。请成吉思汗开恩，赦免我大哥族人。

成吉思汗对耶律楚才说，昔里沙也是一位忠臣，你和昔里钎部快去找到昔里沙的族人，向进攻他们的将士们传达我的旨意，赦免昔里沙族人的死罪。

耶律楚才、昔里钎部领命而去。

蒙古骑兵在肃州城内屠杀了三天三夜，除昔里沙族人一千余人外，城内十余万军民全部被杀死。

蒙古骑兵在肃州城墙周围休整三日后，成吉思汗任命刘继业为肃州知府，收集城外百姓、恢复城内秩序，自己率领蒙古骑兵继续东进。