申屠刚、杜林从隗嚣那里来到洛阳，刘秀任命二人当侍御史。任命郑兴当太中大夫。

三月，公孙述命田戎出江关，招集其旧部，准备夺取荆州。不能取胜。

刘秀于是给隗嚣下诏，打算让他从天水出兵攻打公孙述。隗嚣上书说：“白水关险恶，难以通过，栈道残破断绝，无法利用。公孙述性情严厉残暴，上下相互不信任，等到他的罪恶显露出来再攻打他，就能造成一呼而内外响应的形势。”刘秀知道隗嚣终不能被己所用，于是策划出兵讨伐他。

夏季，四月丙子（初八），刘秀前往长安，拜谒汉朝历代皇帝的陵墓。派遣耿、盖延等七位将军取道陇西征讨公孙述。刘秀先派中郎将来歙赐给隗嚣诏书，告诉他自己的意图。隗嚣又反复考虑，疑虑重重，很长时间不能决断。来歙生气地责备隗嚣说：“皇上认为您懂得善恶是非，通晓胜衰兴亡，所以亲自写信，充分表达自己的意愿。

您推诚效忠，已经派您的儿子隗恂到洛阳做人质，却反而要听从小人的蛊惑之言，要做灭族的打算吗？”于是准备向前刺杀隗嚣。隗嚣起身入内，召集部众要杀来歙。来歙从容地拿着符节登车离去。隗嚣让牛邯率兵把来歙的车团团围住。隗嚣的部将王遵劝谏说：“来歙虽然是单独充任远方的使节，但他是刘秀的表哥。杀了他无损于汉朝，却会随之召来灭族之灾。

从前，宋国捕杀楚国的使节，招来用人骨作木柴、易子而食的大祸。对小国尚且不可以侮辱，何况对于万乘之尊的帝王。您要以隗恂的性命为重啊！”来歙为人讲信义，言行一致，往来游说，诚实可信，都可一一对证。西州的士大夫都信任、尊重他，很多人替他求情。所以能够免于死难，回到洛阳。

五月己未（二十三日），刘秀从长安回到洛阳。

隗嚣于是起兵叛变。命王元防守陇坻，砍伐树木，堵塞道路。东汉将领们因此和隗嚣交战，被打得大败，各自率兵逃下陇山。隗嚣急速追赶，东汉将军马武挑选精锐骑兵断后，杀敌数千人，各路军队才得以返回。

六月辛卯（二十四日），刘秀下诏说：“设置官吏，是替老百姓服务。而今百姓遭难，户口减少，而国家官吏的设置还很繁多。现令司隶、州牧各自在所辖范围核实实际需要，裁减官员。无论是县还是封国，不足以设置长吏的，予以合并。”于是合并减少四百余个县，官吏的职位也减少了，十个官员，留任一个。

九月丙寅晦（三十日），出现日食。执金吾朱浮给上书说：“从前，在尧、舜时的太平盛世，还每隔三年对官员进行考核。大汉王朝兴起，也是被功绩所带累，官吏在职的时间都很长，甚至传给长子长孙。当时的官吏办事，怎么能够治理得好，评论抨击的人，怎不喧哗？

我认为，创建天地那样大的功业，不可能仓促完成；艰难的事业应当逐日积累，才能成功。近来郡县长官频繁地被替换，迎新送旧，在路途上疲于奔波。探究起来，他们在任的时间很短，不足以明确显示他们的政绩就已遭到严厉的责备，官吏不能自保，为检举、弹劾所迫，又害怕讽刺讥笑，所以争着装扮自己，用欺诈伪装的手段求得虚浮的美名。

这正是导致日月不能正常运行、出现日食的原因。生物突然暴长必定会夭折，功业一下子成功必定会很快衰败。如果摧毁长久的大业，而求速成的功效，不是陛下的福分。希望陛下高瞻远瞩，从长远考虑，直看到三十年之后，天下有幸！”刘秀采纳朱浮的建议，从此以后，地方州牧太守更换的次数大为减少。