主线：成为首位以宝可梦的身份参加大赛的联盟冠军。

副主线：打造首个属于宝可梦城市，摧毁意图激化人类与宝可梦矛盾的集团组织。（集团老大被虚吾伊德所寄生，为打造适合异兽生存的世界。）

赤鳞意外重生成为幼基拉斯，刚出生不久就被狩猎队掳走，吃光狩猎队能量方块后，还掳走失忆的毽子草以及封印石（试验品，技能威力低，被留存了下来，后面成为赤鳞专用buff加成器）。

被迫陷入集团放逐计划（理念：人类不需要神兽来维护秩序，所有秩序维护者都将被放逐。实质：暗中却引领究极异兽进入本世界），摧毁实验室后遭到狩猎队追杀，赤鳞意识到单凭自己无法与之抗衡，也不愿屈居人类之下，只好苟着发展势力，暗中扰乱集团计划，并着手打造宝可梦城市雏形。

集团长时间没有找到赤鳞的踪迹，不再浪费精力寻找，赤鳞也再次以幼基拉斯的身份进入人类世界（摧毁实验室时已经进化，不会暴露），结识天王训练家，并在他的帮助下参加联盟大赛，获取各种资源。

成为首位以宝可梦的身份参加大赛的联盟冠军，并摧毁集团阴谋，驱逐异兽。