最后，李斯在公元前208年，即胡亥即位的第二年，被处以极刑：先是黥面（即在脸上刺字，是秦朝的一种侮辱刑），然后劓（即割鼻子，也是秦的一种酷刑），砍断左右趾（即砍掉左右脚），又腰斩（拦腰斩断），最后是醢（音海，即剁成肉酱），这在当时是最为残忍的一种处死方式，叫做“具五刑”，即用五种刑罚处死。李斯的一家也同时被杀。赵高后来也为自己的残忍付出了代价：两年后被子婴诛杀。

官逼民反

他继续大量征发全国的农夫修造阿房宫和骊山墓地，调发五万士卒来京城咸阳守卫，同时让各地向咸阳供给粮草，而且禁止运粮草的人在路上吃咸阳周围三百里以内的粮食，必须自己带粮食。除了常年的无偿劳役外，农民的赋税负担也日益加重，最终导致了陈胜吴广起义的爆发。

大泽乡起义沉重打击了秦朝政权，揭开了秦末农民大起义的序幕，是中国历史上第一次大规模的平民起义。秦二世元年秋，秦朝廷征发闾左贫民屯戍渔阳，陈胜、吴广等900余名戍卒被征发前往渔阳戍边，途中在蕲县大泽乡为大雨所阻，不能如期到达目的地，根据秦朝法律，过期要斩首。情急之下，陈胜吴广领导戍卒，杀死押解戍卒的将尉，发动兵变，口号是“王侯将相，宁有种乎”。起义军推举陈胜为将军，吴广为都尉，连克大泽乡和蕲县，并在陈县建立张楚政权，各地纷纷响应。大泽乡起义因为陈胜得势后骄傲，加上秦将章邯率秦军镇压而失利。

但二世胡亥根本不相信，只喜欢听天下太平的好话。在一次讨论是不是发兵平定起义时，胡亥竟然不同意有“反叛”的事，发兵当然也就没什么必要了。叔孙通了解胡亥，便说：“他们说的天下反叛根本就不对，先皇早已经拆毁了城墙，熔铸了天下兵器，有您明主坐堂，有严明法令行于天下，国家安定，人民富足，谁还会造反呢？现在陈胜这些人只不过是几个盗贼而已，地方官正在积极追捕，请陛下尽管放心就是了。”

胡亥听了，满心欢喜，直夸叔孙通说得好，然后他又问其他人，有的说陈胜是“盗贼”，有的则说是“造反”。说“盗贼”的没有事，说“造反”的就治罪，因为说“造反”等于说天下大乱。治罪的罪名是“非所宜言”罪，就是说了不应该说的话，这种罪名是一种典型的封建专制刑法，秦朝后来虽然灭亡了，但后来的很多朝代都继续沿用了这种罪名来维护君主专制制度。