马京达瑙军队随后对伊利甘的“菲律宾人”开始了报复行动，等他们离开伊利甘时，路旁的树干上都吊着“菲律宾人”的尸首，甚至还有婴儿。马京达瑙军队清理了伊利甘后，开始清理卢盖特、纳阿万、伊尼陶、吉塔古姆等地的“菲律宾人”，然后来到卡加延·德奥罗。

卡加延·德奥罗位于伊利甘东54公里，常年驻守有西班牙人的2艘军舰，这些军舰定期地在保和海（今Bohol海，也称薄荷海）沿岸巡视。当马京达瑙的军队到达卡加延·德奥罗时，留在港口的1艘西班牙舰船一点防备都没有。在马京达瑙军队的炮击下，那艘西班牙舰船沉入了海底，爬上岸的西班牙士兵都被击毙。

马京达瑙军队随后又对卡加延·德奥罗城的“菲律宾人”进行了报复。一个月后，马京达瑙收复了棉兰老岛中北部沿海地区。

苏禄国、马京达瑙国听说大明准备收复马尼拉后，争着向刘静逸申请出兵，帮助大明国夺回吕宋岛。经刘静逸同意后，两国各派出了1000名士兵，组成“苏马联军”，坐上铁血军的舰船来到了“菲律宾”。

在古希腊时期，地理学家托赉梅将“菲律宾群岛”称为“马尼奥拉斯群岛”。宋代，我国把“菲律宾群岛”称为“麻逸群岛”。1521年麦哲伦到达“菲律宾群岛”后，将它称为“圣拉萨罗群岛”，嘉靖二十一年（1542年），第四批西班牙远征队到达这里后，司令官维拉洛博斯为了尊崇当时的西班牙太子菲利普亲王，就将这个群岛命名为“菲律宾群岛”。一开始，“菲律宾群岛”仅仅指中北部的岛屿，如宿务岛、班乃岛、民都洛岛、吕宋岛，后来西班牙人把“菲律宾群岛”扩展到南部的棉兰老岛、苏禄群岛，把臣服于西班牙的土着称为“菲律宾人”，把不愿臣服于他们的YSL教徒称为“摩洛人”。

在明代以前，“菲律宾群岛”各岛屿还没有成立几个王国，生活在岛上的土着大多过着部落的生活，这些部落被称为“巴朗加”，一个“巴朗加”，少的有100多人，多的有500多人，很少有500人以上的部落。这些部落都是猎头族，互相征伐，如有500人以上的大部落，都是征服了别的部落后才有的。

在中国人到达吕宋岛前，土着人过着“度其穴、居野处，追飞逐走”的原始生活。后来，随着从中国大陆移民到吕宋岛的汉人越来越多，他们胼手胝足，凭借着烈山泽，驱猛兽，开山造田，并给土着人“教以耕种，教以建屋，输入种子家禽，布帛丝缕，教以收获”，岛上的土着人从汉人那里学会了用水牛犁地，用猪粪做厩肥，用风车吹稻谷，用磨盘、石臼磨米、舂米，岛上的农业才渐渐发展起来。这些土着对汉人都十分崇拜，“吕宋”在土着人的语言中就是“去稻谷皮的磨盘”之意。因此，吕宋岛人的农耕方法与中国农民的耕种方法是一模一样的，不仅连农具（犁、耙、锄、镰刀等）是一样的，连犁田、播种、插秧、耙草、收割、堆稻草的方法也是一模一样。

进入明代后，随着农业的发展，吕宋岛及其周边几个岛屿的人口开始增长，甚至出现了2000人以上的大部落，甚至有些大部落联合后成立了王国，比如在吕宋岛的中部林加延一带成立了冯加施兰国，吕宋岛东南部成立了猫里务国，班乃岛成立了马迪加亚斯国，民都洛岛成立了麻逸国。

永乐四年（1406年），冯加施兰国王嘉马银率众到大明朝贡，接受大明皇帝的册封。永乐八年（1410年），其国王玳瑁又率众到大明朝贡。玳瑁去世后，中国人将林加延港称为“玳瑁港”。

郑和第一次下西洋路过吕宋岛马尼拉时，任命侨居在那里的福建晋江商人许柴佬为吕宋岛总督，也即马尼拉一带成了大明国的直属海外领地。许柴佬就任吕宋总督后，参照内地的做法，设立了一整套治理机构。后来，吕宋岛东南部的猫里务国、班乃岛的马迪加亚斯国、民都洛岛的麻逸国就参照许柴佬的做法，成立了一套国家治理机构。可惜，许柴佬去世后，大明没有任命新的总督，马尼拉一带就成了大明的藩属国——吕宋国（也称马尼拉王国）。大明闭关锁国后，冯加施兰国、吕宋国、麻逸国成了文莱国的属国，不过，吕宋岛东南部的猫里务国和班乃岛的马迪加亚斯国还是独立王国。到了16世纪下半叶，吕宋国曾是吕宋岛上极为强盛的王国，岛上各小城邦都处在他的控制之下。西班牙人入侵吕宋岛时，马尼拉王公苏莱曼（Sulayman）亲自挂帅与西班牙人战斗。可惜的是，在隆庆五年（1571年），苏莱曼在一次海战中阵亡，吕宋岛逐步被西班牙人占领。