也有例外，申时行担任首辅后，他非常清楚皇帝的诉求，很合理的摆正了自己的位置，已经是为数不多的首辅，到了明朝晚期，各党纷纷竞争起来，争得不可开交。特别是崇祯登基以后，内阁竟然成为一个无关紧要的部门，内阁成员就是负责处理皇帝文书而已，随着崇祯军务繁忙，内阁更像是一个分工整理军务文件的部门。

明代内阁制度是衍生于科举制度下的附属模式，是一种明代为了加强中央集权并得到统治一种政治制度。内阁制度的产生与发展相较于早期的科举制度有着较大差别，其更像是一种职位的晋升制度，是一种政府从基层选举出自然人，并将权利尽最大可能进行集中化的方式。

内阁制度方便明代从上到下进行系统化管理，锦衣卫、东西厂的发展都是明代内阁制度下的产物。总之，内阁制度不仅仅是将皇权进行了中央集权化管理，更是将明代的分权制度表现了出来。内阁在发展过程中，受到锦衣卫和东西厂的排挤不在少数。在锦衣卫发展早期，是内阁一手将锦衣卫的权利推向巅峰，锦衣卫发展成熟之后，抓捕了大量内阁人员，以此来抑制内阁的权利。

锦衣卫与东西厂有着先斩后奏的权利，内阁的发展阻碍了锦衣卫与东西厂的切身利益，所以在内部机构发展过程中，为了最大程度地限制内阁的发展，锦衣卫等内部机构运用恐吓、利诱等手段，瓦解了内阁大多数人员，二者在后期的关系也到达了水深火热的地步，直至最后双双灭亡。

锦衣卫分为南北镇抚司，简称为南司北镇，南镇抚司是为锦衣卫内部的监察机构，主管锦衣卫内部的纪律法度，核查人员功过等，而北镇抚司则是锦衣卫的真正执行机构，诏狱便是隶属于北镇抚司，锦衣卫的审讯、缉拿、行刑甚至是处决等全部由北镇抚司负责。

锦衣卫的长官为指挥使，是为正三品，副长官为指挥同知，是为从三品，其下还有指挥佥事，是为正四品，镇抚使从四品，紧接着便是分别属于正五品、从五品的千户与副千户，以及属于正六品与从六品的百户与试百户，最后是正七品与从七品的总旗与小旗。

东厂，又叫做东辑事厂，明成祖朱棣永乐十八年设置，这是宦官集团的对外办事机构，可以称之为监察机关、特务机构，其长官为东昌提督，由皇帝的亲信宦官担任，如果说锦衣卫是负责监视朝廷百官的权势滔天的存在，那么东厂就是监视朝廷百官的同时，又监督锦衣卫的存在。

因锦衣卫是外臣，向皇帝陈事的时候，需要上书启奏走流程，可是东厂是内臣，又有监督锦衣卫之权，所以从明朝中后期后，很长一段时间内，东厂不管是地位还是权力，都实际凌驾于锦衣卫之上，也许仅有嘉靖朝锦衣卫例外。

更有甚者，锦衣卫的指挥使见到东厂的厂公，要行跪拜之礼，所以很大程度上，东厂是实际高于锦衣卫的，而二者也被合称为厂卫。

至于西厂，在有明一代存在的时间相当的短，但是权势却是异常的大，明宪宗朱见深成化十三年设置西厂，全称西辑事厂，西厂的权势与监管范围远远超过东厂与锦衣卫，不仅京师各地受其监察，全国各地也要严密处于西厂的监视之下。

甚至朝堂正二品的兵部尚书因为遇到了西厂督主汪直没有避让而被极近羞辱，西厂得势之时，东厂与锦衣卫只有乖乖做小弟的份儿，也正是因为西厂太过于跋扈，以至于刚刚设置五个月，便是遭到集体反对。

成化十三年五月，内阁首富商骆等集体上书反对汪直，明宪宗朱见深不得已，只得暂时废黜西厂，可是一个月后再度开设西厂，此后汪直的权势更进一步，直至五年后在权力斗争中失败，西厂才算废黜。