盘古仓占地十六平方公里，长六公里，宽四公里，用钛铌合金材料打印成型并二次压制形成，压制形成的舱体中间置入了气囊仓和液态仓，气囊仓和液态仓分别是从100米到1公里不能的小块，其仓体使用高韧度材料形成，仓壁本身具有三层结构，具有透光性和不透气性，整个盘古仓的外壁内部是4000多个气囊仓和液态仓相互挤压附着在仓体内壁，气囊仓和液态仓分别存储了人类生活所需要的各种基本物质，包括水、氧气、氢气、氮气、各种气态和液态的纯净化学物质等，每种化学物质做了物质的状态不固化处理，防止在极端情况下出现凝固或结晶现象导致压力变化。在气囊仓和液态仓内侧，使用另一种铌合金材料制成的封嵌板，封嵌套板具有自延展性和密合性，其形状为等边六边形，可以两两组合，每个变成60公分，其四周又八凹八凸的平面及斜角扣，使得每两个封嵌板可以两两相扣，又可以进行单独操作解扣，封嵌板被命名为足球壁，因为其外观像足球的六边形的组成部分。每个气囊仓和液态仓都有精密的管道负责进入和输出，进入口和输出口统一进入第十七大区的生态循环仓。
其机舱分为十八个组成部分。分为一大区到十八大区。每个大区有的又细分具体的功能区。第一区位于十字架盘古仓的最中心区域的中心位置。盘古仓横仓和纵仓的交汇区域是第一大区到第五大区。第一大区是指挥舱、住宿区域和管理活动区域，被称为神明中心。第二区在第一区的前方，横向贯穿整个中心交汇区，第二区是婴幼儿教育和相关医疗服务区，这个区域主要为孕妇和婴幼儿服务，也包括大型的妇幼活动中心和妇产医院，这个区域也建立了盘古仓的主要小学，这个区域被称为未来宝贝区。第三区位于第二大区的后方、第一大区和第五大区的左侧，是青少年教育中心区，包括初中、高中、青少年运动拓展基地等，第三区域被称为光明城堡。第四区位于第三大区纵轴对称的位置，在第二大区的后侧，第一大区和第五大区的右侧，第四大区主要建立了大量的职业培训机构和盘古大学，盘古大学是盘古仓中唯一的综合类大学，里面设有各门类的实验室，第四大区主要承接专业人才的培养以及进行科学实验和研究。第五大区位于第一大区的后方，是养老区，里面建设有各种公园、养老设施、老年大学和养护中心，也建有专门的老少经验分享区域。第五大区被称为夕阳红堡。
盘古仓的左侧是第六大区和第七大区，第六大区位于盘古仓左侧的左前方，以盘古仓左侧的右上角和左下角的斜线为分界，隔开第七大区，整个第六大区和第七大区均为三角形区域。第六大区是盘古仓的维护区域，里面也负责足球壁的生产和盘古仓各类零件的加工和废旧利用。维护团队日常也在此办公。第六大区被称为盘古运维中心，简称盘运中心。第七大区在第六大区的后方，是太空第二战备区，是盘古仓太空作战的预备役储备区和装备储备区，用于一旦发生太空战争时，作为太空战的第二军事储备区域，第七大区被称为钓鱼城。
盘古仓的右侧是第八大区和第九大区。第八大区位于盘古仓的右前方，这里是盘古仓的产业制造中心包括各种原材料的生产加工和生活物资的加工，这里设置有最大的塑料制品厂和汽车厂，还设置有智能辅助机器生产中心，第八大区还设置了机器人的生产线，但是完整人工智能能力和仿生形状的机器人是不允许生产的。第八大区被称为产能中心。第八大区和第九大区沿着盘古仓右侧区域的左上角与右下角以对角线隔开，两个大区都是三角形区域。第九大区位于第八大区的后方，是医护、卫生设备和食物的储存基地。第九大区被称为供养中心。
盘古仓的后方的长尾区域由第十大区到第十六大区组成。第十大区位于长尾区域的左上方，第十大区被用于物种创造，适合进入墨子森林有助于生态循环和物种进化的生物在这里被创造并输送入十八大区，而十八大区的生物残害也会被输送入第十大区进行研究，第十大区被称为女娲基地。第十一大区被第十二大区隔开，与第十大区沿着中央纵轴对称，第十一大区被作为了储备生活区，等待人口超过3万人时，从第一区到第五区往这里迁徙，第十一大区被称为未来新城，目前还没有固定人口在这里居住，这里按照未来模式创建了旅游基地和酒店，用于人们日常休闲和旅行。
盘古仓后方长尾区域的中心的第十二大区是宽达400米的一个纵向大道，一直从盘古中心区域延展到盘古仓的尾部，这里是盘古仓的动力工作区，也是盘古仓得以在太空中用各种动力方式飞行的工作中心。这里分为核燃料工作区、暗能量工作区、虫洞保护罩区和太空漂浮区，整个第十二大区被称为动力中心，这里是人工智能设备工作最密集的区域。
第十三大区位于第十二大区的左侧，第十大区的后侧，第十五大区的前侧，是盘古仓的战略物资储备区，包括粮油物资的储备和生活用品的储备，这里建设了高密度的仓储区域和全面的机械臂抓取的仓储单元，设备在这里密集存储且能够适应多维度重力，同时第十三大区还是盘古仓维持类地球引力的能粮仓，因为有第十三大区的工作，才使得人类和一切生物在盘古仓内能够感受到如同在地球上一样的地心引力。第十三区被称为华夏万物区。
第十四大区位于沿着第十二大区中轴和第十三大区对称的位置，这里是精密仪器的加工区，主要用于微观世界能量的处理和研究，暗能量的产生和控制就在这个区域进行操作，同时，设计到暗物质操作和核能才做的各种精密仪器也在这里生产，同时，第十四区还是主要固态原材料的存储区域。第十四区被称为高精密区。