失败的后醍醐天皇退位后持着象征天皇权力的三神器退逃到大和的吉野（今奈良县），聚集反对势力与北朝相抗衡，是为南朝。

倭国的南北朝由此而形成。

足利氏原是上野的豪族，也是镰仓幕府将军源赖朝的同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，开创了室町幕府。

室町幕府第三代将军足利义满（注1）统一了南北朝。

在第八代将军足利义政在位的时候，因继承权问题爆发了应仁之乱，自此室町幕府的权威日下。

原本受幕府册封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代（副官）、家臣、国人篡夺政权，有的可以保持政权至战国时代。

从应仁之乱开始，至足利幕府灭亡，称为战国时代。

天正元年（公元1573年），织田信长放逐了末代将军足利义昭，足利幕府宣告灭亡。

织田信长逐渐成为倭国最为强大的军阀，并积极拓展统治版图。

天正十年（公元1582年），织田消灭甲斐大名武田氏，几乎完全控制京都近畿与东海地方，并将势力延伸至中国地方、甲信越地方、四国地方以及北陆地方。倭国实际统治中心也转移到安土城的织田氏手上。

同年，织田信长部将明智光秀发动本能寺之变，织田信长死去。

明智光秀打败织田信长长子、织田家家督织田信忠败给后自杀，整个织田氏顿时陷入混乱。

公元1584年，羽柴秀吉与德川家康爆发会战，双方对峙许久没有分出胜负，和解并结为同盟。

同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此为根据地，开始了统一倭国的计划。

经过四次的大规模讨伐后，公元1590年，羽柴秀吉终于大致上完成全国的统一，天皇赐姓丰臣。

公元1598年，丰臣秀吉去世，倭国再度陷入混乱。

庆长五年（公元1600年），关原合战德川家康战胜，奠定了江户幕府的天下。

庆长八年（1603年），德川家康被天皇任命为征夷大将军，在江户设幕府。

庆长十年（1605年），德川家康为了确立将军世袭制，将征夷大将军之位让于第三子德川秀忠，此举引起了倭国朝廷和丰臣氏的强烈反对。在挫败了丰臣氏和朝廷的反对之后，德川秀忠接替德川家康成为征夷大将军。德川家康自称“大御所”，迁居到骏府城遥控幕府。