董宣武拦住祖大寿，劝道：“祖将军，何必跟这种人计较？董某保证，祖将军过去的事就过去了，朝廷不会再追究。袁贼注定是要押往菜市口的，受众人唾骂、千刀万剐的，祖将军若是一刀杀了他，岂不是便宜了他？”

祖大寿见董宣武如此说，急忙收了钢刀，拜倒在地：“末将见到袁贼这厮，便想起他往日在关宁倒行逆施、只手遮天的所做所为，怒不可遏，一时鲁莽、冲动，还请太保大人见谅！”

董宣武安慰了祖大寿几句，招呼人将袁崇焕等一干要犯押解下去，即日送往京城，并交代一定要保证他们的安全，不能出什么意外。他要让天下百姓看看这个卖国求荣的贼子最后的下场，以警戒后来者！

祖大寿等一干将领也随之一起进京面圣，接受天子的赦免。在此之前，董宣武早已经说服崇祯皇帝赦免这些将领，以安重心。

虽然董宣武心里面讨厌透了祖大寿这些关宁将领，但是他们的投诚毕竟减少了一场杀戮，也避免了朝廷官兵的伤亡损失。而且，此举也有助于日后劝降清军中的汉军。在皇太极的部队中，汉军的数量可不少，占大多数。

天启七年十二月，经都察院、刑部、大理寺三司会审，厘清袁崇焕等人的罪行，经过公审，袁崇焕叛国罪、欺君罪、擅杀功臣罪、勾结叛逆罪……等十八项罪名成立，被判斩首之刑，株连九族，查抄所有家财。

大明崇祯皇帝仁慈，听从了董宣武的建议，赦免了袁崇焕九族诛杀之刑，改轻判为发配琼州（海南岛），遇赦不赦，但对袁崇焕本人，崇祯皇帝恨之入骨，非但没有减刑，反而御笔钦定，改斩首之刑为凌迟处死。

崇祯元年秋，袁崇焕等一干人犯在菜市口被正法，其时万人空巷，轰动一时，京城百姓纷纷赶来观看，袁崇焕三天被凌迟了三千多刀，不少百姓出重金，求购袁崇焕被剐下来的肉丝，只为生啖之以泄心头之恨。

祖大寿弃暗投明后，崇祯皇帝下旨赦免其之前的一切罪行，不再追究，但因为他有起义、抓捕袁崇焕等大功，经朝廷议功后，仍任命他为总兵，调往应天府养起来，不再委以重任，虽郁郁不得志，但终得善终，老死江宁。

关宁军的其他将领，除了几个不开眼的，横行惯了，到了应天府后依然横行霸道，贪赃枉法，被董宣武找到机会，趁机严惩，诛杀之，其他将领结果大多跟祖大寿差不多，后半生活得小心翼翼，不敢有半点过错，让董宣武叹息找不到机会，不能还苍生一个公道。

七万关宁军仍留在原地，接受董宣武的改编。

董宣武以自愿为原则，择素无大恶者进行收编，收其健壮者两万多人编入五行卫，接受五行卫的正规训练。

另有四万多人编入其他兵马只中，剩下的近万人，或者因为不愿继续当兵，或者身体条件，或者因为行为不检，或者因为其他原因，在收了遣散银子后，被被董宣武尽数遣散。

在密云耽搁了三天，安顿好投诚的关宁军一干事务，董宣武留下关宁军和一部兵马驻守密云，作为后卫，率领其他兵马拔营，继续向山海关杀去。