八条景定之所以在越前、加贺两国静谧后不久就对南摄津大规模用兵，并非是他好大喜功，而是因为石山御坊是一向宗的总本山，若不将之平定，上杉将军家在近畿诸国将永无宁日。

当然，景定还不忘向本愿寺显如提出和谈条件誓书以及起请文：

一、赦免石山御坊之中所有人等；

二、为谨慎起见，双方应派遣人质；

三、播州英贺御坊在石山御坊开城后停止与当家为敌的举动；

四、由博陆公、上杉黄门侍郎、今川黄门侍郎等人率军接管寺内町，之后并进驻御影堂、阿弥陀堂；

五、石山御坊开城以后，当家将于洛阳龙谷山一带新建西本愿寺，以供前法主本愿寺显如、如春尼等人入驻，三男本愿寺准如为住持；

六、前法主本愿寺显如长男本愿寺教如许可于洛阳乌丸七条一带分立东本愿寺，并担任东本愿寺住持。

七、石山御坊寺内町町众仍能继续居住在寺内町之中。

对于景定所提出的和谈条件，本愿寺显如、如春尼、本愿寺教如、本愿寺准如、下间三家老（下间赖廉、下间仲之、下间赖龙）等人在经过短暂商议后一致同意，因为石山本愿寺眼下已经是到了战既不能战，守又守不久，完全陷入了困境，根本没有更好的选择。

不仅如此，正亲町天皇的长子诚仁亲王也受景定、上杉氏虎二人所托，致信本愿寺显如：“在八条内府、上杉亚相的奔走斡旋之下，将成为佛法繁荣之基础。若贵寺退出石山御坊，则万事合宜。此事也是天子之意，具体事由将由近卫执柄（关白唐名之一）、庭田亚相、劝休寺黄门侍郎等人告知。惶恐惶恐。”

随着朝廷方面的再度介入，石山本愿寺高层迫于形势，只能同意石山御坊开城。

因为，本愿寺显如的死就等于亲鸾以来的血脉断绝，同时也是一向宗法脉的断绝。为了保全法脉的存续，以及重视朝廷权威，本愿寺显如不得不接受世俗权力的支配。

为了体现石山本愿寺一方的诚意，本愿寺显如很快就命亲族、坊官等尽数退出御影堂、阿弥陀堂，并在下令剩余守军全面禁止抵抗、放下武器后，就与如春尼、本愿寺教如、本愿寺准如、下间三家老（下间赖廉、下间仲之、下间赖龙）等人一同退出了石山御坊，在上杉军的护送下前往京都。

同时，本愿寺显如还不忘派遣使者前往播磨各地，号召一向宗信徒停止与上杉将军家对抗。