就在东北的形势再度恶化之际，万历二年正月间，四川的军事形势出现了向好的迹象。

以石砫兵为首的各路援军相继赶到了成都附近，并收复了安岳、乐至等县；在外围军事压力增加的情况下，永宁叛军内部对何去何从产生了争议，不少叛军将领认为，眼下奢军已经陷入了明军夹击的势态下，不应该拘泥于攻陷成都，而是该壮士断腕的舍弃成都，向明军力量薄弱处扩张，但奢崇明父子却不以为然，坚决要抢在明军合围前攻占成都。

在奢崇明父子拒不纳谏的情况下，奢崇明的部将罗乾象意识到奢部失败在即，于是产生了跳船逃生的念头，遂秘密与成都城内明军联络，表示愿意弃暗投明，并且反戈一击。

成都城内主持大局的四川布政使朱燮元决定接受罗象乾的投诚，并布置了一个顺势反击的计划，就这样，在当年正月二十八日的晚上，罗象乾命人在奢崇明部的营地内纵火制造混乱，而此时朱燮元便通率城内明军趁机夹攻，致“崇明父子遁走泸州，乾象遂以众来归”，由是，被围102天的成都终于解围了。

成都解围之后，朱燮元便趁着奢崇明父子溃逃、贼军人心不稳之际，迅速组织各路援兵进行追剿，进而先后恢复了资阳、内江、简州（简阳）等四十多处州县，成功的将奢崇明叛军分割在了重庆和其老巢永宁两地。

然而，正所谓按下葫芦浮起瓢，这不，正当四川的形势已经大为的好转之际，当年的正月二十七日，在听闻奢崇明已经攻陷成都的谣言之后，水西宣慰使安位之叔、实际掌握水西地方实权的安邦彦便裹挟安位起兵叛明了。

水西叛乱伊始，为了扩大自己的声势，安邦彦便自称罗甸王，然后声称自己将起兵数万攻打贵州；见水西宣慰使举起了反明大旗，周边的罗鬼、仲苗各族纷纷响应，据说一共有四十八家土司土目跟随安邦彦行动。

这些叛军很快攻陷了毕节，又夺取了安顺、龙里等地，其等的兵势很快扩大到了十余万人的规模----其实不一定都是兵，实际可能是全部男丁----并于二月初七包围了贵阳城。

当时防守贵阳的提学道刘锡玄记录道：“二月初七日，果从城楼见城飞蚁集，数万猡兵、数万仲苗，铁骑金戈，环五门外山头，于辰时扎营，午时战北门，转战东门矣······”

此时，贵阳守兵“不计三千”，守城将领便紧急“募兵四千”，但面对绝对优势的水西叛军，贵阳城还是岌岌可危，幸而抢在围城之前，总兵官张彦芳统率一部援兵冲入城中，这才让城内守军扩大到了一万余人（对外宣称2万），从而有了一守之力。

但紧接着副总兵徐时逢、参将范仲仁等部援军在强渡瓮城河时被安邦彦的叛军击败，贵阳的外援断绝，至此陷入了长达十个月的围困之中······

水西叛乱，贵阳被围的消息传到明廷，刚刚因为四川方面的好消息，而松了一口气的明廷上下再度紧张起来，是的，眼下等于明廷在三个方向用兵，这绝不是财力困顿的明政府能够承受的，于是关于放弃辽土、退守山海关的主张便成了某种主流意见。