朝鲜国王李倧一面仓皇出逃，一面遣使向明朝和毛文龙请罪，说导敌不是自己的主意，而是臣子所为，请求援救。

天启皇帝接到朝鲜的求援后，认为朝鲜虽然协助后金，但不应该计较属国的过错，才是天朝气量。于是下诏给毛文龙，是什么奴兵东袭毛帅，锐气未伤，深慰朕怀。丽人导奴入境，固自作孽，但属国不支，折而入奴，奴势益张，亦非吾利。还速谕毛帅相机应援，无怀宿嫌，致误大计，让毛文龙立刻整军出战，救援朝鲜。

毛文龙接到诏书以后，不顾东江镇粮饷短缺的隐患，毅然率部进入朝鲜，反击后金大军。

在天寒地冻的环境中，东江镇官兵衣不蔽体，食不果腹，每日拉死尸为食，仍在毛文龙的激励下，顽强作战，与后金军在宣州、晏庭、车辇、义州等地反复拉锯，并在瓶山一线重创后金正蓝、镶白两旗，给予了后金军极大的杀伤。

更让后金雪上加霜的是，随着天气逐渐转暖，河流化冻，侵朝的后金军似乎已经陷入了东江镇和朝鲜义兵组织的天罗地网中。

然而，关键时候，被迫逃亡到江华岛躲避的朝鲜王廷却利用这一局面与后金方面达成和平；已经进退两难的阿敏，立刻抓住了这个机会，与朝鲜方面达成了“江都会盟”，约定朝、金结为兄弟之邦，双方各守边境，后金撤军，永不南下。

朝、金和约达成后，朝鲜官府立刻通知各地义兵停止对后金的袭击，同时禁止义兵帮助东江镇，正是朝鲜方面对东江镇的又一次背信弃义，这让让后金军得以带着从朝鲜抢掠来的财富冲破了东江镇和朝鲜义兵组织的包围，返回了后金控制区。

丁卯之役使得阿巴海用军事手段解决东江镇明军的战略彻底失败了，他不得不转而寻求外交和政治手段解决的途径，通款崇焕，求杀文龙；但是，他至少利用明军削弱了牛录比自己还多的（阿敏的）镶蓝旗、（阿济格的）镶白旗的实力，解除了此二人对其汗位的威胁，可以说，无论后金丁卯之役在军事上成功与否，对阿巴海个人来讲，都是胜利的。

对于明朝来说，丁卯之役使得拥有数万骄兵悍将的镶蓝旗精锐丧尽，即使休整两年也未恢复元气，其余参战后金军也多有损失。是为明军与后金交战以来，所取得的最重大胜利，而这又是在明军极为艰苦的环境下所取得的，更加可贵。

对此，登莱巡抚李嵩评价说:奴以十万之众蹂躏东江，毛文龙乃能于狂烽正炽之际，奋敌忾迅扫之威······毛帅之功于是乎不可及矣!

而在“丁卯之役”中损失最大的朝鲜方面也愈发的敌视后金了----虽然，这并不妨碍朝鲜向后金提供岁贡----但这恰恰又为后来爆发的丙子之役预埋了伏笔······