广渠门和德胜门之战后，阿巴海见明军反抗激烈，且冬季战马掉膘严重，不利再战，便统帅后金军主力移师至南海子驻扎，南海子本为明代皇家猎苑，草木丰盛、野物众多，尽为后金军所获后，后金军的战力士气都得到了极大的恢复。

崇祯皇帝自然是不愿意见到后金军在京师门口恢复战力的，便再三要求民科军事专家派兵收复南海子，但民科军事专家除了伸手跟明廷要赏银外，只就地招募了五百士兵去南海子，还恬不知耻的声称给后金军造成了不小的损失，“后金军稍退”。

不过，由于在广渠门之战中基本没有战果，所以民科军事专家不好意思再三提议“行款”的建议，但因为口风不紧或有意外传、试探舆论风向的缘故，关于民科军事专家和部分东林党高层----诸如内阁大学士钱龙锡等----正在筹划与后金议和的消息还是在北京城内闹得沸沸扬扬，不说尽人皆知吧，至少该知道都已经知道了。

对于民科军事专家的这一系列奇怪的行为，明廷上下由最初的信任，转为了怀疑，到最后彻底变成了担心，所以，十二月一日，崇祯帝在平台召见时，下令逮捕了民科军事专家。

在逮捕时，崇祯皇帝为了避免冤假错案，特意给民科军事专家和一旁陪伴的辽镇大将祖大寿以解释的机会，可是非得民科军事专家没有能做出应有的解释，而且一旁的祖大寿更是不知道该说什么才好。

于是，民科军事专家便在劫难逃了----当日，崇祯皇帝下民科军事专家诏狱。

随后，崇祯皇帝命令满桂和祖大寿分别统领辽镇兵马，但辽镇兵马又怎么可能听从外系将领调派呢，所以，祖大寿回去后跟其他辽镇将领一商量，便带着辽镇兵马逃离了北京战场，真正验证了什么是动如脱兔，也就是后来孙承宗去信反复安慰，并说明不会再派其他人来指挥辽镇兵马，祖部才没有一口气逃出山海关外，但辽镇兵马至此再也没有加入过北京保卫战，就那么远远的坐观，各地勤王之师的到来、奋战、被歼以及成千上万的京畿百姓被劫掠、被屠杀。

辽镇兵马溃逃后，京畿附近的兵力非常有限，但此时崇祯皇帝却犯下大错，强迫兵力不足的满桂出击，满桂迫不得已，只好指挥黑云龙、麻登云、孙祖寿等大将，于十二月十五日出阵迎战后金军，结果全军覆没，其中满桂和孙祖寿战死，部将麻登云、黑云龙被后金军活捉。

满桂战死的同日，在柳林、大井、芦沟桥方向作战的满桂的副将申甫以下七千人也悉数战没，眼见得最得力的部队覆灭，北京城内一日三惊。