在夺取登州之后，孔有德叛军一方面致书余大化，要求以明廷承认其等在山东的割据为条件，实现和平----对此，余大化居然表示愿意以此来息事宁人，只是因为时任山东巡按的王道纯的反对而作罢----另一方面又对黄县实施了攻击。

崇祯五年元月十三日，莱州参将张奇功在率领300弱卒和黄县民夫坚守城池两昼夜后，力竭而败，黄县就此失守，莱州危急。

为了救援莱州，也是为了平灭孔部叛乱，明廷急调杨御蕃、王洪、刘国柱三部驰援莱州。

元月二十八日，杨、王、刘等三名总兵官率5000兵马赶到莱州城下设防，然而此时，叛军已经拥有骑兵5000人、步兵10000人，明军总兵力明显处于劣势状态；好在，叛军兵力虽众，但尚未完成最后的编组，建制混乱，所以，才没有第一时间对劣势明军进行进攻。

元月三十日，与明军对峙两天，并借此进一步完善了部队编组的叛军开始展开进攻，但杨御蕃部守备严谨，叛军进攻了一个白天也未能攻下杨部的阵地，只能转而以2000骑兵围困和牵制杨部，主力转而攻打王洪率领的天津营。

由于叛军本身装备有大量红夷火炮及其他火炮，再加上有兵力上的优势，因此，打到二月初一那天，王洪部天津营便被叛军击败，而后溃散了。

击溃了天津营后，叛军集中火力攻击杨部军阵，杨部坚守到二月初二也挡不住了，于是杨御蕃便果断发起主动反击，一举打乱了叛军的阵脚，这才掩护己部有序的撤回莱州城内，追击杨部的叛军随后赶到，将莱州城团团包围了起来。

并且随着时间的推移，赶到莱州城下的叛军数量越来越多，一度号称有10万之众，当然，这个数字是有水分的----至少在朱由崧的努力之下，东江镇已经比另一时空减少了30000万多辅兵，这就无形中减少了叛军的总数----但比起全部只有4000人的莱州守军来说，还是多了太多的。

所以，立足未稳的叛军，于当年二月初五就迫不及待的对莱州城发起了进攻，当适时，叛军箭矢如蝗、炮子不绝，守城明军被压制的根本无法做出有效还击，只能趁着叛军试图登城、后方压制火力削减的机会，实施反击。

正是靠着这样的沉着冷静，守军才屡次挫败了叛军前锋攻城的企图。

第一次进攻莱州城的失败，给一路骄纵、自诩攻无不克、屡战屡胜的叛军造成了很大的心理冲击，所以，直到二月初九才发动了新的一轮进攻，这一次，叛军似乎窥知莱州城内兵少，所以采取了四面同时围攻的策略，但守军众志成城，还是再一次的打退了叛军的进攻。