皇太极在迫使朝鲜投降后，便决定一鼓作气拿下皮岛，彻底消除东江镇的威胁。

不过，皮岛的情况与江华岛略有不同，因此清军并不能指望以攻陷江华岛的方式用小舟强渡海峡，所以，皇太极在调动了贝子硕讬、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明等部外，还强迫朝鲜抽调水师出战。

朝鲜方面因为王世子李??被清军掠走，充作人质，因此不敢违背皇太极的命令，便派平安兵使柳琳、义州府尹林庆业率军5000协助清军进攻皮岛----传说，朝鲜原打算通知皮岛明军，但唯恐事泄而引火烧身，所以君臣秘议几次后还是取消了这个计划，最后只能祈祷上天让“两国各自解归”，但这种说法，无异于既当又当，实在可笑又可恨。

明朝的皮岛守将是东江总兵沈世魁，他在得知皇太极入侵朝鲜的消息后，就“修筑城台，广设炮药，收集兵船，以为固守计”。

在皮岛守军的顽强抵抗下，清军久攻不下----孔有德部和耿仲明部在此战中因为与皮岛守军千丝万缕的关系，作战十分敷衍，这要是清军久攻不下的原因之一----于是当年三月八日，已经回到沈阳的皇太极便命令武英郡王阿济格率兵千人入朝助攻，就这样，阿济格取代硕讬，成为了皮岛之战的主帅。

然而，阿济格来了之后才发现，造成皮岛之战，久拖不决的原因有很多：

第一， 东江镇原本有12000多人，甭管这12000多人中，战兵有多少，但绝不是兵力有限的清、朝联军所轻易能拿下的，更何况三月下旬的时候，崇祯帝派去援救朝鲜的沿海总兵陈洪范统又率领了8000名增援明军抵达了皮岛，因此岛上总计有近20000人的兵力，清军绝不是那么容易能得手的。

第二， 除了岛上明军兵力雄厚外，明军还配备了大量火器----且不说沈世魁之前的积累，光是援鲜明军带来皮岛的，就有火药32300斤、火罐360个、火箭900枝、起火400枝、火枪120杆、火瓶200个----在清军红衣火炮因为射程不足，无法攻击到皮岛的情况下，明军在火力上也具有优势。

第三， 皮岛四面环海，清军无法发挥铁骑的特长，只能乘船浮海攻岛，但在渡海过程中，清军船只势必全部暴露在明军视线之下，岛上明军正可凭险施放火炮，从容射击行进速度缓慢的木船；即便有少量清军船只靠岸，守岛明军也不难从滩头发动反击，利用优势兵力把少量清军赶入海中。

第四， 守岛明军身处大海环抱的孤岛，无路可退----岛兵战船数量有限，也不可能由海道退走----被围之兵只能置之死地而后生，拼命抵抗，摆在清军面前的无疑是一场恶战。

所以就连明朝新任兵部尚书杨嗣昌也认为，陈洪范、沈世魁两部“亟当分布要害，扼其入犯之路；果有渡海声息，以主侍客，出奇待之，自可得志”。

阿济格考虑再三，并与硕讬等会商以后，决定摒弃强攻的方式，而采取分兵两路、一奇一正进行偷袭的作战计划。

其中，一路由八旗骑兵、乌真超哈、天佑兵、天助兵及朝鲜兵担当，赫然列阵，大张声势，尽量吸引明军的注意；另一路由八旗步兵担当，暗中运动，乘坐小船，悄然渡海。