当年四月二十九日，李自成又命令李过、袁宗第率部西进，夺取夔州，打开西进四川之门户；又过了二天，李自成下达了让刘希尧、刘芳亮两部进军岳州，南下湖南、广东及间道进入江西的指令。

在李自成命令田见秀、刘宗敏等部出击的前一天，将左部后续处置任务移交给张国维统帅的江西卫所兵后，腾骧营、府军营、金吾营等部京营新军在朱由崧的指挥下，乘船进驻了九江城；而原驻九江的黄得功部3总兵，则奉命北返蕲黄与黄得功部主力汇合进行重整。

黄部重整的目的是为了消化朱由崧调拨的1万左军陆师降兵----原本朱由崧还没这么快把降兵交给黄得功，但阿济格退兵，让京营参谋们设计的甲方案，即趁着阿济格部渡江攻打李自成部之际，黄得功部迅速沿长江-汉江进军，夺取襄樊，锁死阿济格部北返之路的作战计划，彻底无法实施了；因此朱由崧干脆决定实施乙方案，即待黄部兵力充实后，再西进黄州府，配合京营新军夺回武昌----不过作为代价，朱由崧回收了巡江水师安庆营和马当营的指挥权，并以马当营、安庆营、江阴营、太平营、镇江水师组成临时的长江水师，负责封锁长江江面，最终实现截断长江的目的。

至于济州水师桨帆船队，朱由崧则命其迅速返回镇江，协同漕军防御来自巡江水师吴淞营的进攻----侯方域已经被宁鲤秘密抓捕了，随即在审讯中，受刑不过的侯方域供出了东林党用来呼应左良玉的兵马，这些兵马包括建阳卫指挥使于侯升掌握的300建阳卫官兵和20家丁、扬州卫掌印指挥使关文掌握的50家丁、镇江卫指挥同知牛国统掌握的200镇江卫官兵等等等等，林林总总加起来也有3~5000人，其中以吴淞营总兵方国安部最为精锐，危险性也最大。

所以，在不确定巡江水师狼山营是否有变的情况下，朱由崧只能先把济州水师桨帆船队调回镇江待命，一待济州水师桨帆船队到位了，那么接下来金吾营辅军师就会抽调部分兵马配合锦衣卫，武装抓捕侯方域供述名单上的那些统兵将领；而只有完成了对这些统兵将领的抓捕，清除了南京周边的隐患后，朱由崧才会安排金吾营辅军师主力及济州水师展开对吴淞营的打击----为了避免方国安率部东逃出海，朱由崧甚至密令济州水师主力南下长江口封堵，不过，济州水师主力南下是需要时间的，这也是为什么朱由崧最好才对付方国安的原因之一。

当然，侯方域的供词未必是真实的，他提供的名单上的人也许是冤枉的，但现在这个时候，有杀错没放过，了不得，日后把责任推到侯方域和东林党头上，再给枉死者及受到连累的家人、族人进行平反嘛。

“另外，飞马将阿济格部北上之事，通报给高杰、尚可喜、刘肇基知晓，命令高杰所部，止步于光（州）、颍（州）两地，尚可喜所部止步于陈（州）、亳（州）两地，刘肇基所部止步于归（德）、睢（州）。”等完成长江两岸的军事调动后，朱由崧继续命令道。“一待控制上述州府后，各军就地强化城防，不得再行冒进，以免遭到阿济格部的蓄意打击。”

朱由崧说到这，顿了顿，又命令道：“再通知张国维，一旦结束对左部的押运、看守任务，所部江西卫所兵立刻循陆路驰援长沙、岳州一线，以确保湖南门户不失去，并在朕亲领大军收复武昌后，协同孙传庭部北上夺取荆州重镇······”