山西清军也试图对吕梁反清武装进行清剿，但却面对连绵起伏的吕梁山，实在是剿无可剿，所以，只能选择封锁战术，试图饿死山中的反清义军；面对清军的饿杀战法，孟三、张判子等率部北移至清军统治相对薄弱的娄烦、静乐、岚县等地活动，让清军的企图大半落空，由此，吕梁山反清武装就成了山西清军身上的一个顽疾，极大的牵制了山西清军的注意力。

除了吕梁山方向有反清武装在活跃外，沁源、安泽、平顺、陵川等地山区也有大小不等的多股反清武装的活动，这些反清武装时隐时现、飘忽不定，让山西清军疲于奔命，十分的头疼；只是平原地区的士绅已经相继降服于清廷统治，因此山西最主要的几处平原谷地一直牢牢掌握在清廷手中，这就使得山西反清力量始终无法组织更多更大规模的反清斗争，也因此，某种意义上，山西成了既京畿周边、畿南以后，清廷掌握的第三个“模范区”······

鉴于孙可望、刘文秀两部在川南土司区的进展缓慢，张献忠便在1646年四月初续调了兵马三万增援孙、刘两部，得到增援的孙、刘随即根据张献忠的指示对参与反抗的川南民众举起了屠刀；正是在大西军肆无忌惮的屠杀面前，川南土司退缩了，于是，当月二十三日，东川军民府土司仲姑、乌撒军民府土司蒙閟代表两地土司向孙可望部输诚。

大喜过望的孙可望一面命令东川、乌撒等地土司向大西军提供粮秣驿夫，一面指挥大军攻入了云南境内；但由于川滇边境的道路难行，所以孙可望和刘文秀最终决定兵分两路而行；其中孙可望率部走西线攻寻甸府、嵩明州，尔后窥视昆明；而刘文秀走东线，攻霑益州、曲靖府、越州卫、陆凉州、陆凉卫、路南州、徵江府等地，最终包抄昆明后路······

而在夔州方向，得到后方补给的孙传庭部，则吃准了当面顺军数量有限的软肋，故技重施，继续以水路夹攻的方式越过巫峡、对夔州府城及附廓的奉节展开猛攻。

对于孙传庭的进攻，袁宗第等顺军本着利用三峡地形、且战且退的宗旨，进行逐级抵抗，籍此不断吸收孙传庭部的冲击力，最终消耗孙部的战斗意志和战斗潜能。

在这样的战术下，袁宗第在奉节以东抵抗了十七天，这才在迁移了夔州和奉节百姓后，撤出夔州府城，率部退往了云阳一线，再次组织防线；只是孙传庭这次咬着牙，逼迫黄蜚、马得功等部用命，所以，袁宗第的云阳防线没有维持多久，就被迫再次退往了万县。

夺取万县后，孙传庭一面安排大队进行整修，一面又马不停蹄的安排小股部队经彭溪河谷上行，收复了实际处于士绅自治状态下的开县、临江（镇）等地，消除了侧面的威胁，并与雾山山脉以西的新宁、达州、东乡等地拥明武装取得了联系······