吴末帝孙皓即位后，封韦曜为高陵亭侯，升任中书仆射，后降职为侍中，长期兼任左国史。当时孙皓周围的人迎合孙皓旨意，多次说出现祥瑞感应现象。孙皓以此询问韦曜，韦曜回答说：“这只是人家箱匣中的东西而已。”有一次，孙皓想为自己的父亲孙和作“纪”，而韦曜坚持以孙和未登帝位为据，只宜将其历史记载文字定作“传”。就这样几次三番，韦曜逐渐受到孙皓的责怒。韦曜为此深感忧虑，并且当时身患疾病，需服药医治监视护理，于是自称年老体弱，请求辞掉侍讲、左国史二职，希望能够完成所写之书，将他从事的工作交给别人，孙皓没有答应。

孙皓每次设宴，常常都是一整天，入席之人无论酒量如何都要以七升为最低限，即使自己不能全部喝完，也要被强迫灌完够数。韦曜一向饮酒不过二升之量，起初他受到特殊礼遇时，孙皓常减少他的酒数，或者暗中赐给他茶水代替酒，这也是以茶代酒历史典故的来源。而韦曜渐渐不受孙皓宠幸之后，反而更被强迫喝酒，往往因所饮不足量而受惩罚。另外孙皓在酒后让侍臣侮辱诘责大臣们，以嘲弄相侵，互相揭短作为乐趣。这时谁要有所过失，或者误犯孙皓之讳，就要遭到拘捕，甚至被斩杀诛死。韦曜认为朝臣在公共场合相互谤毁伤害，内心就会相互滋生怨恨，使大家不能和睦共济，这并非好事，故此他只是出示难题，提问经典的辞义理论而已。孙皓认为韦曜不接受皇帝诏命，有意不尽忠主上，于是将他对韦曜前后不满的嫌隙忿恨积累一起，将韦曜拘捕入狱。

韦曜通过狱吏上呈奏章企求赦免，但孙皓对此无动于衷，反怪他的奏章有墨污，又以此诘问韦曜。而华覈也接连上奏营救韦曜，孙皓不准许华覈的请求，于是下令诛杀韦曜，终年七十岁，并将韦曜的家属流放到零陵郡。