时势造英雄，当时的元朝官府善战，喜爱这些善于用兵的人才，所以对于方国珍一行官府一直进行的招抚政策，而没有因为他的叛乱而从重发落，当时周边不断有贼寇祸乱，朝廷发了几十道诏书，招募百姓去抗击贼寇，但是百姓经过生死奋战，胜利后理应得到的赏赐，却被负责此事的官员忽略，而方国珍一行却纷纷加官进爵，恩赏不断。于是，跟随方国珍的人也越来越多了，当时的元朝已经失去了江淮这两个重要的都城，只能依靠方国珍的船只来保卫海上畅通。

这时候，张士诚、朱元璋等人也在各地纷纷起义，不断扩大自己的地盘，有人建议方国珍趁这群雄逐鹿的好时机，利用海上的优势，南北出击，一争天下，可方国珍说：“我一直就没有这样的志向。”于是他在自己的一方天地里，生活的倒也无忧，虽然表面上他还是服从于元朝，但是却并不受制于元朝，当元政府威胁到他的利益的时候，他也会进攻，对朱元璋及其其他势力，不冒犯也不被别人冒犯。

后来，局势渐渐明朗，朱元璋称帝，势必是要将方国珍所拥有的地盘给收回的，但是方国珍不听人劝扩大势力，也不听人建议将地盘交给朱元璋，这惹火了朱元璋，率领大军攻打方国珍，后来他守不住了，只好往海上逃。朱元璋也并不是一个善类，他逃到哪里，就追到哪里，一心想要灭了方国珍，还好方国珍手下聪明，写信给朱元璋，将他们两个的关系比喻成父子之情，父打子，子打不过，只能逃了。比喻的恰到好处，这才让朱元璋撤销了灭他之心，方国珍最后授命为广西行省左丞，只享俸禄不上任办差，最后，方国珍死于南京。

方国珍去世后，朱元璋还亲自为他设祭，并且还让大文豪宋濂，给他写了一篇《神道碑铭》，刻在方国珍的墓碑上。