朱棣用计劫持了朱权后，大大增强了自己的力量，于是朱棣没费多大周折就夺取了政权，建文帝从此下落不明，这就是历史上著名的“靖难之役”，朱棣称帝后，将朱权改封到江西南昌。朱棣虽然表面对朱权特别客气，临别时还亲笔题诗相送。可是，在骨子里朱棣对这位足智多谋、能力极强的老弟极不放心，不久便剥夺了朱权的实际军权。

后来又有人诬告朱权图谋不轨，朱棣便经常派密探监视他，朱权从此郁郁寡欢。多才多艺的朱权在政治上失意后，便转而在南昌筑精舍，终日鼓琴读书，经常与文学之士相往来，自号“大明奇士”。史称朱权“神姿秀朗，慧心聪悟，于书无所不读，一生致力于研读著述，最终成为明初著名的戏剧家、戏剧理论家、古琴家、历史学家、道教理论家，在戏剧发展史上是极有影响的人物。”

朱权所著的《太和正音谱》为中国现存最早的杂剧曲谱，是中国戏曲史上重要的理论著作。此外，朱权的著作还有杂剧12种，现存《大罗天》、《卓文君私奔相如》两种；所作《神奇秘谱》收入琴曲63首；其它著述有《宁国仪范》、《家训》、《文谱》、《诗谱》、《史断》、《通鉴博论》、《汉唐秘史》、《琴阮启蒙》、《琼林雅韵》、《采芝吟》、《列朝诗集》等20多种。

朱权一生的论著可以以封居南昌为界分为两个时期。前期作为位尊权重的皇子，以研究历史上的政权更迭为主题，总结经验及教训以维护明王朝的统治；后期，缘于对现实的怨望，朱权不再研究历史，完全脱离政治。朱权晚年亲手制做的中和琴流传于世，此琴被称为明代四王琴之首，明代四王琴按其顺序和年代的排列为：宁、衡、益、潞，传世的宁王琴海内仅此一张。据了解，由于朱权晚年学道，随葬品不多。

据说，朱权尸体腐而未溃，口含一枚金钱，体压大小金钱两行，每行六枚。此外，墓中还出土金簪、玉帛、道冠、铜暖锅和锡制鎏金器皿等物。原墓前地面有南极长生宫，造得华丽，但是毁于战事，现在仅存高大华表两只，铸有文字。解放后经多次修复，现在又将墓前砖房和墓内陈列整修一新，对外开放。

朱权的后人也继承了其祖的性格和天赋，历史上著名的清代大画家“八大山人”朱耷就是朱权的直系后裔，朱耷也与朱权一样崇尚道教，是一名真正的道士，他修道的地方就在如今南昌市的青云谱道院。现代著名文化学者余秋雨在撰写《文化苦旅》时，就曾经来到南昌的这个道院，用深情的笔调高度赞扬了朱耷在绘画方面的成就。