朱棣即位后，杀掉方孝孺，练子宁不屈服，朱棣命人将练子宁绑到朝堂之上，让他下跪朝拜新君，练子宁大义泯然，怒骂朱棣大逆不道，谋权篡位，若太祖泉下有知，定当饶不了他这个不孝子。朱棣听得冷汗直流，让侍卫将练子宁的舌头割掉，然后说：“吾欲效周公辅成王。”练子宁没有了舌头，不能说话，只见他把右手食指插到嘴里，蘸着口中的鲜血，在地上写下四个字：“成王安在？”朱棣恼羞成怒，命人将练子宁碎尸万段，练子宁的家族151人悉数被杀，他的母族和妻族共计371人全部被充军发配。

得知练子宁家族是江西临江的大户，为了斩草除根，朱棣下令，将练子宁所在的村子的500多住户全部杀光，不允许这个地方再有姓练的，非常惨烈。《明史》也有相关记载：燕王即位，缚子宁至。语不逊，磔死。族其家，姻戚俱戍边。

他的生前好友，临江府同知王佐收集其遗稿，汇编成《金川玉屑集》五卷，江西提学副使李梦阳为纪念练子宁修建“金川书院，”并为其学堂书写“浩然”二字，还专门撰写了《浩然堂记》，以纪念练子宁。

练子宁致死忠于建文帝，他的忠义之心，导致1000多位无辜的人遭殃，因此充满争议。笔者认为，练子宁和方孝孺、景清等同时代的忠臣一样，不失风骨。明仁宗继位后，为练子宁恢复名誉。他的老家一直保留“练公祠”，供后人纪念。