朱鉴上书朝廷说：瓦剌也先不断在边境烧杀劫掠，制造事端。他诡计多端，我们的对策也要相应周密。当务之急是认真选将，加紧练兵，停罢宦官监军制度，将兵权交给总兵。同时加紧整编散兵，召募勇士，清除奸邪积弊，发放太仓陈谷，重悬赏格，劝募义师，征召勤王之兵，指日刻期，并进夹攻，则明英宗可还，敌兵自退。他又说：宦官王振擅权乱政，江南民众造反，都以诛杀王振为号召。希望陛下杜绝宦官干政，凡军国重事多与大臣商议，委之办理，洗雪前耻，以图后功。疏章传入宫廷，太后读罢，感动而至泪下。

瓦剌骑兵数万进犯山西雁门关，再犯河曲、义井堡等地，进逼太原，山西大震。朱鉴奉命移守雁门关，都督佥事王良镇守太原，此时山西又闹灾荒。朱鉴一面整饬兵备，日夜守御，一面筹粮赈济，安抚灾民，劳瘁备至。不久，援兵渐集，瓦剌骑兵撤退。也先请和，送英宗还朝，代宗下令边将率领精兵乘机出击，朱鉴急忙上书阻止：如果对方没有背盟，而我方先出兵进攻，便失信于人，他要挑动边衅便有借口。代宗接受他的意见，停止军事行动。十月，召还镇守山西的右都御史罗通，命朱鉴兼领都御史事。

代宗在太监王诚、礼部侍郎邹干、大学士陈循鼓动支持下，废英宗皇储，立自己儿子为皇太子。朱鉴写信给陈循，表示反对，并说，陛下于太上皇，应当避位以全大义，陈循读后，大为震骇。这年，明代宗派遣大臣到各地考核官员，邹干分派山西省，对朱鉴百般刁难，朱鉴请求代宗调回邹干或派别人来，邹干反说朱鉴庇护部属，干扰考核，两下争执，代宗支持邹干，把朱鉴调离山西省回都察院协助工作，朱鉴辞官回家。

英宗复位，朱鉴专程赶到北京，上表祝贺，英宗大加抚慰。家居二十余年，朱鉴病逝，寿八十八岁，明宪宗钦赐祭葬，墓在泉州西南郊庆云山。朱鉴撰有《朱中丞奏议》2卷、《原学稿》4卷、《孝感录》1卷等。