罗钦顺对程朱理学的改造、对“气学”的创建、对佛学的批判，使他在中国哲学史上有重要影响与地位。罗钦顺认为佛家与“吾儒”的最大区别在于对“性”理解不同，佛教唯识宗将“八识“中的阿赖耶识视为永恒不变的本体，而且以本体为真，以现象为妄，罗钦顺认为其错误在于割裂了本体与现象的关系。罗钦顺“早年笃信佛学，后断然舍弃，穷究性理之学，‘谓释氏之明心见性，与吾儒之尽心知性，相似而实不同’，‘通天地，亘古今，无非一气而已’，认为‘气’是宇宙万物的根本，‘理’是‘气’运动变化的条理秩序。‘初非别有一物，依于气而立，附于气以行也’，不同意朱熹‘理与气是二物’的见解，但仍接受程朱理学‘理一分殊’之说，认为‘人犹物也，我犹人也，其理容有二哉？然形质既具，则其分不能不殊，分殊故各私其身，理一故皆备于我’。”

对于陆九渊和王阳明的心学，罗钦顺的态度是批判，对于程朱理学，罗钦顺的态度是部分扬弃，用理气为一物修正了朱熹理气二分的理气论。罗钦顺认为气有聚散，聚散之理就在其中，并不是超乎气之聚散之上另有聚散之理，对于理事关系，程朱理学的意思是“理在事上”和“理在事先”，罗钦顺则认为“理在事中”。

罗钦顺晚年潜心格物致知之学，继承、改造了朱熹的格物致知说，指出格物是格天下之物，不只是格此心，穷理是穷天下事物之理，不只是穷心中之理。主张“资于外求”，达到“通彻无间”、内外合一的境界。明中期许多学者，都曾与罗钦顺通信讨论过学术问题，从《困知记》附录的记载来看，包括王阳明在内共有二十余位与钦顺有过书面交流。王阳明和罗钦顺在不少学术观点上发生过激烈的争论，而王阳明的弟子欧阳德也曾在“良知”、“格物”等问题上和罗钦顺辩论过，并特著《辨整庵困知记》以反诘罗钦顺的见解。

罗钦顺的思想还远传日本，影响了日本德川时代一些著名哲人的思想，如贝原益轩说：“罗整庵以理一分殊说性，而不分天地气质，虽与先正之说稍异，可谓有所发明也，盖本然者理一也，天下之人所禀受者皆一也。气质者分殊也，众人所禀各不同，罗氏此论后出者，可谓巧也。...罗整庵立理一分殊说，是简要之言，不要分析而发明性字。愚谓性者一而已矣，不可分天地，气质之性为二。”明末清初思想家黄宗羲认为罗钦顺“大有功于圣门”。