王继光会兵进剿，抵达娄山关，杨应龙诈降，暗地遣兵据关冲杀，官军大败且死伤过半，王继光被革职。兵部侍郎邢玠命重庆知府王士请令杨应龙至綦江听勘，杨应龙缚献黄元等12人抵斩，并请纳银四万两助采木赎罪，朝廷允准，以子杨朝栋代其职、次子杨可栋留渝作人质。不久，杨应龙闻次子死，拒缴赎金，杨应龙派兵袭掠余庆、大呼、都坝，焚劫草塘二司及兴隆、都匀各卫，围黄平，戮重安长官家，流劫四川江津、南川诸邑，袭击贵州洪头、高坪、新村诸屯，并侵扰湖广48屯，朝廷震怒。贵州巡抚江东之等率兵3000进剿，杨应龙令其弟杨兆龙、子杨朝栋至飞练堡迎战，官军无一生还，江东之被革职。

此时，明朝援朝抗倭战事已经结束，万历帝决心平定杨应龙叛乱，李化龙再度出山，奉命节制川、黔、湖广三省军务，主持平播战事。杨应龙于官军集结前率兵八万陷案江，纵兵血洗綦江城，明军各路兵马陆续汇集播州附近。李化龙持尚方宝剑，主持讨伐全局，坐镇重庆；郭子章以贵州巡抚坐镇贵阳；湖广巡抚支大可移驻沅江。明军分兵八路进剿：总兵刘珽出綦江；总兵马礼英出南川；总兵吴广出合江；副总兵曹希彬出永宁；总兵童无镇出乌江；参将朱鹤龄出沙溪；总兵李应祥出兴隆卫；总兵陈璘出白泥。每路兵马3万，共计20余万人，这种安排，足以说明神宗对于剿灭杨应龙的决心。

八路大军中，刘珽绰号刘大刀，是平倭名将，夙有威名，所部骁勇善战。綦江在播州的北面，杨应龙也以重点屯兵于此，以其子杨朝栋亲领苗兵数万进行防守。然而，苗兵畏惧刘珽，一听“刘大刀至矣”，往往不战而溃，罗古池一战，杨朝栋差点被俘。

刘珽率军一直攻到了娄山关下，娄山关是杨应龙老巢海龙囤的门户，与海龙囤并称天险，易守难攻，但是却被刘珽在两个月内连续攻破。杨应龙见败局已定，与爱妾周氏、何氏关门自缢，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘，战役前后历时114天，斩杀杨应龙的部队2万人。李化龙班师回朝，并将杨朝栋等69人押解到京师，磔于闹市，至此，平播一战以完胜结束。平播之役，宣告了割据播州杨氏世袭统治彻底结束。