在利玛窦的影响下，北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣，这当中最著名的，也是后来对他的传教事业帮助最大的，当属“圣教三柱石”——徐光启、李之藻和杨廷筠。利玛窦的宗教著作、译著主要有《天主实义》、《天主教要》、《二十五言》、《主的祈祷》、《圣母赞歌》、《教理问答书》等。

利玛窦，向中国社会传播了西方的几何学、地理学知识以及人文主义的观点，开了晚明士大夫学习西学的风气。与徐光启等人合译的欧几里德《几何原本》，极大地影响了中国原有的数学学习和研究的习惯，改变了中国数学发展的方向，是中国数学史上的一件大事。几何学方面，还与徐光启、李之藻等共同翻译了《同文算指》、《测量法义》、《圜容较义》等。

利玛窦制作的世界地图，《坤舆万国全图》是中国历史上第一个世界地图，先后被十二次刻印，所写的第一部中文著作《交友论》，收入了文艺复兴时期人文主义大师爱拉斯谟等人，关于友谊的格言上百则。同时，利玛窦还积极向西方传播中国文化：首次将《四书》译为拉丁文；与郭居静神父一同编修了第一本中西文字典《平常问答词意》，首次尝试用拉丁字母为汉字注音。

利玛窦因病卒于北京，终年59岁，按照当时惯例，西方传教士死后本应移葬澳门，但在内阁首辅叶向高等人的斡旋下，万历帝破例准许利玛窦葬于北京西郊的藤公栅栏，使其成为首位葬于北京的西方传教士。