张居正接迁大学士，升张孟男为太仆少卿，张孟男仍一心奉公，不趋附张居正的权势，故四年又不得升迁。张居正势败罢相，张孟男不为所累，朝廷嘉奖其耿直之风，晋升为太常寺卿，后又相继升大理寺卿，南京工部右侍郎。不久，被召回北京带本职兼掌通政司事，四年连升四级。

万历帝迷信神佛，深居宫中，八个月不问政事，张孟男冒死上奏，痛陈利害，皇帝从谏复朝。当年冬，改任户部左侍郎，不久升南京工部尚书，未到任改南京户部尚书。当时，南京国库空虚，张孟男接任后，大力整顿，不到二年，仓廪存粮由仅足二年之需，积累到足够七年之用。他对当时的朝廷征收矿税等弊政多次上书直陈，均被皇帝搁置不问，因而引病辞官，连辞四次才被批准。乡居五年，被召回京复官，又多次上书，请求朝廷多行善政，仍不被采纳，直至病故，终年72岁，皇帝封赠其为太子太保。

张孟男，终生为人正直坦荡，始终不依附权贵，深得人们的敬仰，高拱罢相之后，张居正出任宰相，他器重张孟男为人正派，就升任他为太仆少卿。尽管如此，张孟男依然一心勤于公事，不对张居正趋炎附势，因此又被张居正怀恨在心，又是连续5年不给张孟男升迁。

后来，张居正又被罢官，张孟男对他仍然一如既往，态度真诚，使其深受感动，张孟男的高风亮节和正直人格受到了人们的推崇和赞誉，被传为佳话，流传至今，张孟男不但政绩卓著，也善诗词，但传世的不多。