王之垣上书归省，户部虚席以待六月，但王之垣竟称病，居家不复出，平日不嘱托私事，不徇私情，致仕后，又书一贴于厅云“誓不说事”，果然，居家十四五年，乡人没有一个求托者。王之垣太夫人八十高寿，乡人平日不相往来者约三百人，纷纷拿着贺礼，为太夫人庆寿，王之垣对头人罗轸说：“某平日不管人家闲事，何敢劳诸君”罗说：“正因公不说事，不害人，大家阴受其赐，所以来也。”

虽家居，犹有拳拳报国之心，长子象乾以参政备兵上谷，王之垣嘱托他：“吾家世儒生耳，委尔于边野，犯锋镝不慈，以为难也而避之，逆上命，不忠，吾终不以慈废忠矣。”象乾理应入蜀，但念父年老，不愿动身，王之垣又劝说：“上方西顾，岂臣子顾家时耶”若当移孝为忠，恋菽水非吾愿也。”象乾既行，尽瘁西事。王之垣如此平居，无鲜甘之奉，华美之饰，真乃古大臣之风。

居家20年，课教诸孙，闭户著书，有《承天大志记录事实》三十卷，《律解附例》八卷，《历仕录》一卷，《炳烛篇》一卷，《摄生篇》一卷，《琅琊游记》三卷，《百警篇》一卷，《念祖约言》二卷，《日程篇》等。