李如松先后两次假意接受日军小西行长的请降，暗中准备战斗，可惜被小西行长知晓，于是李如松命令祖承训穿上朝鲜军的伪装，偷偷埋伏在西南。而后李如松率领军队直抵平壤城下和日军展开战斗，日军轻视南面的朝鲜军只布置了少量军队，祖承训等人脱去伪装，露出明军的铠甲后，日军大惊失色，众将趁机攻破平壤，打退倭寇。

倭寇逃离平壤后，副总兵刘綎率领五千军队到达，祖承训和查大受等人一起抄小道翻过槐山，在乌岭后面出现，令日军大惊，于是移驻釜山浦。祖承训又和刘綎一起屯兵大邱、忠州，以金罗水兵布釜山海口，稍微安定了朝鲜局势。不久后，日军进犯咸安、晋州，李如松令祖承训屯兵咸阳，取得了一定战绩，随后日军将朝鲜王子退还，祖承训跟随李如松大军撤归明朝境内。

祖承训，作为李如松家将之一，在抗倭时作出了不可磨灭的贡献，平壤之战，祖承训瞒天过海成功令日军慌乱无措，其将士无不一当百，攻下了平壤城，斩获敌军首级一千两百多，并且令倭寇退还风月楼，逃遁龙山。其后，祖承训和刘綎在朝鲜屯兵，安抚民心，成功稳住了朝鲜局势，为朝鲜之战的成功作出了贡献。