王世充心生诡计，找了个黄道吉日，亲自到通玄寺的佛像前焚香立誓，约定只要义军投降就能活命。刘元进的余部听说后，纷纷投降，不到一个月，王世充就平定了吴郡。不料王世充背信弃义，大局已定后，王世充把所有投降的共三万余人全部坑杀。甚至当众砍下佛祖的脑袋，以示其对佛家的蔑视。

大业十年，齐郡的义军统帅孟让从山东长白山出发侵犯各个州郡，到盱眙，发展到十多万人马。王世充率领部队抵御，以都梁山为据点，设置五道营栅，敌我相对而不交战，还扬言撤退，部队表现出疲惫不堪毫无战斗力的样子。孟让耻笑地说：“王世充是个只懂法令条文的小官，哪能带兵打仗？我要活捉他，一直打到江都去。”

这时当地百姓都住进了部队营垒，遍地没有东西可抢，叛军慢慢地没有吃的，又为营栅挡住道路而伤脑筋，不能向南方进军，就分兵包围王世充的五处营栅。王世充每天出兵打一下，表面装作失利，跑回营栅。像这样搞了好几天，孟让更加小看他，就慢慢分派人马到南边去搜抢财物，留下的兵力只够围住营栅。王世充知道敌人放松了警惕，就在军营中填平了灶坑，拆下了帷帐，摆设起方阵，四面朝外，拔掉栅栏出击，奋力作战，大败敌军，孟让带着几十个人悄悄逃走了，杀死了一万多人，俘虏了十多万人。

炀帝认为王世充有将帅的才干谋略，又派他率领部队讨伐各个小股叛军，所到之处全部荡平。

大业十一年，东突厥始毕可汗发动四十多万突厥狼骑在雁门围困住了隋炀帝，炀帝发勤王诏。王世充闻知后，带领江都的全部人马开赴雁门准备赴救国难。路途上，王世充在队伍里蓬头垢面，痛哭得失去常态，日夜不卸盔甲，躺在草上睡觉。炀帝听到这些，认为他忠诚可嘉，更信任他。

大业十二年，王世充靠向隋炀帝进献了一面青铜屏风大得隋炀帝欢心，随即被升任为江都通守。可笑，王世充履历战功不得升迁，却是送礼送出了门路。

当时厌次人格谦是长白山老贼，当了多年盗匪，带着十多万人在豆子亢一带活动，被太仆卿杨义臣杀掉，随后，王世充统率部队攻打格谦的残存队伍，全歼了他们。

大业十三年，巨寇卢明月转掠河南，至于淮北，拥众四十万人，声势极为浩大，自称“无上王。”隋炀帝令王世充率部征讨，与之会战于南阳，大破之，斩明月，馀众皆散。班师回到江都，炀帝非常高兴，亲自举杯赏赐他。