“有机晶体请下载ccdc库,无机晶体下载iscd库,两者都是免费,设定完毕,开始自动演算……”
李骁设定好数模程序,与剑桥结构数据库链接上,看着电脑屏幕上不断闪现一串串的数据——
pages of publication 1106
a 8.627 ± 0.008 ?
b 9.035 ± 0.006 ?
c 13.469 ± 0.008 ?
α 90°
β 101.92 ± 0.05°
γ 90°
cell volume 1027.2 ± 1.3 ?3
cell temperature 173 ± 2 k
……
距离得到《理性分子设计》已经过去了三周,这三周他每天都在与这头拦路虎死磕,先是研究这个方法的原理,然后开始设计数模算法、编制程序,再在电脑上尝试运行,结果发现破旧的二手电脑根本就跑不起来。
无奈他干脆花了十几万买了一台专业服务器,搭载好平台后,先后链接了美国蛋白质结构数据库、化学品目录数据库、剑桥结构数据库,进行检索演算。
其中,剑桥结构数据库含有875,000个有机及金属有机化合物的x射线和中子射线衍射的分析数据;美国蛋白质结构数据库包含超过51, 000 个蛋白质的三维结构信息。
这两者都是李骁优先用算法进行检索的目标数据库。
可惜数据太过庞大,即便以十几万的专业服务器而言,也需要一定时间的演算才能有结果。
揉了揉眉心,倍感疲劳的他给自己又冲了一杯咖啡,脑袋靠在椅子靠背上,看着电脑屏幕上掠过的一行行数据,思绪不由得飘荡了起来……
目前演算完成度已经达到了91%,与目标酶的结构契合最高的已知酶结构达到了95%,这个结果已经让他比较满意了,虽然不是100%,但以95%契合度的已知酶进行研究,直至找到100%契合的酶结构,也会减小不小的工作量。
当然,如果走了狗屎运的话,就是直接找到100%契合度的酶结构,说明人类已经发现了这种酶,只是不知道它可以应用在炎性肌细胞的dna裂解上。
在这种最理想的状态下,直接把这种酶购买过来,进行实验就可以了!
“呵呵,我在想什么呢?100%吻合的酶结构,怎么可能?”李骁苦笑打消了这个不切实际的想法,心想:“还有9%的数据还未检索完成,如果能在95%的基础上再提升一些就更好了!”
“可惜我的数学和化学等级还是有点低了,要是能再升一级就好了。”他摇了摇头,有些感叹。
越是对基因的微观世界进行深入研究,越是发现数学、物理和化学的作用不可小觑。
数学有助于对现有数据进行分析、建立数学模型、构建算法,指明研究方向,是一种强大的理论工具。数学弱就是盲人骑瞎马,到处乱撞,甚至有可能研究的方向都是错误的。
化学和物理是两只拐杖,提供了强大的实验工具支持,微观基因研究都是分子层面,需要借助很多化学和物理的手段才能进行实验,这两者弱就像没了两只拐杖,就算知道方向在哪里,走起来也是跌跌撞撞的。
计算机编程能力就更不用说了,工欲善其事必先利其器,如果李骁不是计算机系的高材生,怎么可能仅仅用了一周就搭建起服务器平台,调试好了数模程序呢?