新疆中部横亘着天山山脉，把全疆自然划分成南北两部分，清代时一般把天山以北称为北路，天山以南称为南路，也即今天俗称的北疆和南疆。北疆主要为准噶尔所据，南疆主要为回部所据，回部是指当时居住于此的维吾尔族，因他们信奉伊斯兰教，而伊斯兰教在中国又被称为回教，故有此名。

明朝中后期，印度莫卧儿帝国创建者巴布尔的一个远房亲戚，在结束了一段追随巴布尔征战阿富汗的不成功经历之后回到了天山南路，并在那里创建了叶尔羌汗国。

他们的内部有两个敌对教派，一为黑山派，二为白山派，叶尔羌汗国的末代汗王信用黑山派，赶走了白山派。白山派北上投靠准噶尔，准噶尔当时正值崛起之际，于是趁机南下，灭掉了叶尔羌汗国。

以后天山南路又历经多次各种形式的冲突，两大教派首领纷起割据，各自为政，准噶尔遂再次举兵予以征服，征服后他们转而采取了扶持黑山派的政策，将“多权术，善收人心”“欲背准噶尔而自立一国”的白山派首领玛罕木特押到伊犁囚禁起来。玛罕木特在被关押时生了两个儿子，长子叫布拉尼敦，次子叫霍集占。

当地人称他们为大小和卓，所谓和卓，是对于一些头面人物的尊称，其实际的本质和首领差不多，只不过是借助了宗教当中的一些含义。玛罕木特含恨去世后，准噶尔生怕大小和卓返回天山南路后生事，仍将他们继续禁锢于伊犁。

在第一次平准战争末期，准噶尔汗王达瓦齐逃往南疆，为当地首领霍集斯擒捉并献于清军，霍集斯因而受到清廷信任。霍集斯与黑山派处于对立状态，他向定北将军班第建议说，大小和卓在回部深得人心，如果让他们出面招服当地部族部众，南路必能不战而定。班第深以为然，经乾隆同意，将大小和卓予以释放，随后便派兵护送大和卓布拉尼敦返回故里，而小和卓霍集占则留在伊犁，继续统领当地故人。

布拉尼敦返回南路后，在霍集斯家族和白山派的支持下，很轻易地就击败了黑山派军队，重新掌控南路。乾隆君臣以为这样一来，和平统一天山南路的道路将会变得极其顺利，但事与愿违，大、小和卓及其白山派其实只是想利用清廷之力恢复他们的权势，内心并不情愿将天山南路纳入清朝版图，受中央政府管辖。在阿睦尔撒纳发生叛乱时，留在伊犁的小和卓霍集占就“率众助逆”，积极参加了叛乱，中途因为与准噶尔人发生矛盾才率众逃往天山以南。

其时定边右副将军兆惠奉命驻守伊犁，发现大、小和卓有叛乱迹象，“布拉尼敦似属恭顺，霍集占素不安分”，他立即上奏朝廷，主张派副都统阿敏道进兵南疆。此时阿睦尔撒纳尚未落网，准噶尔也不稳定，乾隆一方面还腾不出手来处理这些问题，另一方面对和平解决回部尚抱有希冀，因此加以制止，要兆惠首先进行招抚。