眼看皇帝连激将法都用上了，兆惠不能再耽搁下去，只好将副手富德留在伊犁继续负责，自己率已集结的八百官兵直奔库车。途中为加快进度，他先带四百人轻装前进，在抵达南疆一侧的山口时，他们得知库车城已经归降，大军正开赴阿克苏，于是又昼夜兼程前往，与大军进行会合。

在从伊犁启程时，兆惠就已在设想该如何攻取阿克苏，但在抵达清军大营后，一了解情况，他才知道阿克苏也已经归降。

原来霍集占在逃回叶尔羌后，重新大肆征兵，打算再援库车，后来听说库车已被清军所控制，又计划强行将阿克苏的支持者迁移至乌什等地。一方面，阿克苏的回人不愿迁移；另一方面，自此番战争开始以来，清军所显示出的军事优势以及取胜决心，对他们造成了极大冲击，很多人都不愿再追随霍集占作乱，于是在霍集占来阿克苏时，大家便“闭城拒敌”，不让他进城。两边翻脸后，霍集占率兵攻打阿克苏，城里的阿克苏人也不是吃素的，积极地组织了抵抗和反击，霍集占见一时难以攻下城池，清军又可能随时杀来，遂不得不放弃阿克苏，直奔乌什而去。

乌什与阿克苏近在咫尺，兆惠既得阿克苏，接下来自然是要取乌什。乌什守将系霍集斯的长子漠咱帕尔，霍集斯过去有生擒准噶尔汗王达瓦齐之功，又曾授意次子呼岱巴尔氐帮助阿敏道逃出库车，兆惠据此判断他绝不会跟着霍集占一条道走到黑，所以就写了封信，派人送往乌什，对霍集斯、漠咱帕尔父子进行劝降。

霍集斯父子还没等收到劝降书，便已决定归顺清廷，他们甚至还准备设下鸿门宴，将霍集占擒获后献给清军，只是事情泄密，被霍集占察觉了。霍集占很恼火，但乌什“闭城不纳”，他也没办法，只能退往喀什噶尔。据霍集斯方面所见，当时霍集占的叛众仅三千人左右，部队怨声载道，士气非常低落，有人还做出了毁弃武器、宰杀驼马等自暴自弃的举动，可见阿克苏、乌什先后降清对其打击之大。

围绕塔里木盆地，天山南路的聚居区主要集中于其北部、南部和西部边缘绿洲，乌什归降标志着北部已全部为清军所掌握。霍集斯还利用自己对布拉尼敦兄弟及其根据地的熟悉，向清军献上了擒捉此二人的方案，乾隆闻讯“深为嘉悦”，宣布封霍集斯为公爵，并赏戴双眼孔雀翎等。

至此他又开始后悔邀请海宁参与，此战可惜信件早就已经发出，此时恐怕已经到了海宁手中。如果环球集团效率高的话，以他们的通讯能力援兵恐怕已经在赶来的路上了。考虑到后面的战事还有一些不确定性，因此乾隆认为，也没必要让环球集团撤回这些援兵。