9月，等朱家骅又提出辞职时，任鸿隽的事务也基本安顿下来，蔡元培正式邀其继任总干事。任鸿隽深知“中研院”情况复杂，虽答应帮忙，但要求到桂林等地视察后再决定。可是，蔡元培认为已不能再拖了，最终说服了任鸿隽，通电宣布其出任总干事。

蔡元培慧眼识才，任鸿隽则不辱使命。在“中研院”搬迁安置最困难的时期，任鸿隽通过自己在四川等地的人脉以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安顿下来，并不间断地产生科研成果。

蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一次的鼓励同仁：“人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又况易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”

在此期间，他接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏。在特定的条件下，这无疑是有利于“中研院”的存在和发展的重大举措。

新中国成立时，“中研院”的大部分机构很好地保留下来，成为科学事业的重要力量。对此，蔡元培功不可没。

蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美国，以便其获得更好的疗养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是：自己身负“中研院”职责、文化学术工作，这些均关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。

在香港的岁月，蔡元培的身体多在病中，不得不推辞众多的邀请。

蔡元培在香港唯一一次公开活动，是出席由宋庆龄领导的保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。

这天，蔡元培精神大振，在包括港督罗富国在内的众多来宾面前，即兴发表演讲：

“抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯救难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，有了这种精神，便能免于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务……”

在抗战初期的困难时刻，蔡元培始终有一种自信的乐观与豪情，并不时鼓荡起铁马金戈般的壮烈情怀。这种情怀，在其诗作中有很强烈的表现：

“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。

“而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”

这是他当时写给陆丹林的诗。

“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。

“不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”

这是他读完友人《八一三纪事诗》所题的一首七绝。

透过这些字里行间溢出的爱国激情，不难看出病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，又思慕那“亘古男儿”的气概。

最能说明这时期蔡元培壮心不已的文字，莫过于他被国际反侵略运动大会中国分会推为第二届名誉主席后，为该会会歌所作的歌词。

这首著名的《满江红》词铿锵有力，铮铮有声：

“公理昭彰，战胜强权在今日。概不问，领土大小，军容赢诎。文化同肩维护任，武装合组抵抗术，把野心军阀尽排除，齐努力。我中华，泱泱国，爱和平，御强敌。两年来，博得同情洋溢。独立宁辞经百战，众擎无愧参全责。与友邦共奏凯歌曲，显成绩!”

蔡元培晚年在香港摈除外务，希求静心养病和写作。他给自己订下的写作计划有：写一本“以美育代宗教”的书，编一本美学书，编一本比较民族学的书。另外，蔡元培应胡适的多次建议，拟写一部自传。

蔡元培的一生可谓都在为国事奔走，几乎难有充裕的时间静心著述。但他对中西学术长期求索而形成的独立见解积蕴于心，不发不快。此时人入晚境，回首往昔，世事纷扰，他希望在有生之年力求补偿。

这一时期蔡元培在香港经常写作的是《自写年谱》。年谱用白话文写作，文字简洁清丽，对蔡元培的家世、少年时代、科举考试及读书、供职北京翰林院、回乡从事教育、在上海的活动、留德四年以及其后旅居法国的生活均作了翔实记述。他人生成长的轨迹在其中一目了然，还可从中探知蔡元培思想人格的形成。该年谱自1936年初即已动笔撰述，在香港只是续笔，但不久蔡元培即病卧床榻，不得不辍笔。这时年谱仅写有4万余字，是一部未尽之作。