在这种情况下，帕杰罗人也明白过来，帕杰罗军事派对帕杰罗科学派的打压并不是和他们毫无关系，于是一场规模浩大的反抗行动爆发了。军事派的簇拥着和科学派的簇拥着在此后长达五百年的时间里，互相攻击，整个文明正式被撕裂。

虽然帕杰罗军事派掌控了帕杰罗文明的大部分武器和战机，可以横扫任何一个反抗势力，但是操纵那些武器的也是帕杰罗人，而帕杰罗人需要食物。于是随着时间的发展，越来越多的帕杰罗人意识到帕杰罗军事派打压帕杰罗科学派是一个错误的决定，越来越多的人认为应该由帕杰罗科学派统治帕杰罗文明。就这样随着时间的推移，那些残存下来的科学家逐渐掌控了全局，当他们把那些投诚的帕杰罗军事人员纳入麾下的时候，帕杰罗科学家们知道反攻的时刻到了，他们经过上次的教训，早已放弃了和军事派妥协的想法，于是一场更加残忍的攻击开始了。

一队队帕杰罗军人被派出去执行任务，他们的命令只有一个，就是把军事派首领的脑袋带回来。没错，科学家总是理性的，他们不认为活着的军事派首领有任何价值，反而会产生不必要的麻烦。科学家们可以在簇拥者的保护下幸存下来，并且发动绝世大反攻，那么军事派的首领也可以这样做，所以最好的做法就是斩草除根。

于是，一场大屠杀产生了，屠杀的对象除了帕杰罗军事派的首领，还有那些军事派的附庸，并且随着时间的推移，屠杀的规模越来越大，很多和帕杰罗军事派有稍许关联的人也上了屠杀名单。

一时间，整个帕杰罗星都淹没在鲜血中，连空气中都弥漫着血腥的味道。

终于，当最后一个与帕杰罗军事派有关系的帕杰罗人的脑袋坠入河水中后，这场大屠杀才算落下帷幕，从此之后帕杰罗科学院正式掌控整个帕杰罗文明。

科学院进行了内部选举，十位在战争中有卓越贡献的科学家被选举为元老科学家，他们被赋予大科学家的名号。

当然，帕杰罗科学院的大科学家们也没有忘记那两万名逃走的科学家，对于大科学家们来说，那两万人是他们的同类。而对于同类，帕杰罗科学家们总是照料得很好。

于是，帕杰罗科学院的大科学家们开始展开一个名为寻找者的项目，他们根据初始号在发射时，留下的些许资料，开始寻找初始号的踪迹。但是由于已经过了近百年，大部分痕迹已经消失，所以帕杰罗科学院并没有得到任何有效的信息。还是等到帕杰罗文明发展到三级文明的顶峰，才从宇宙背景回馈中发现了端倪，起始号在宇宙中消失的位置，是一片空旷的星域。

帕杰罗科学院经过仔细计算，得出了一个不可思议的结果，那就是起始号前一秒还喷发着橙色的火焰在宇宙中恬静的航行，下一秒就突然消失在这个宇宙中，就像是被一只无形的大手用橡皮擦掉了一样。这完全违背了帕杰罗科学院对科学的认知，因为在大科学家们看来，这个宇宙是有规则的，任何事物，任何事件都会遵循规则。如果一件事情莫名其妙的发生，那么它的背后必然有着不为人知的规则。

于是，帕杰罗科学院派遣出上千艘勘察飞船对那片星域进行了全方位勘探，他们动用了所有能想象到的仪器，甚至还派出了两百名科学预测家。

科学预测家是当时帕杰罗文明中一种独特的职业，它的名字中虽然带着科学两个字，实际上做的事情却和科学没有任何关系。在当时的帕杰罗文明中，人们认为科学是一种神秘的事情，是一种宇宙的语言，那么是不是有一种人，可以偶然通过冥想的方式听到这种语言呢。

在这种猜测下，一些帕杰罗人声称他们可以预测即将发生的事情，当然，为了避免被帕杰罗科学院惩处，他们会声称自己是根据科学作出了预测。当然，对于科学预测家的话，帕杰罗科学院的大科学家们是一点都不相信，不过考虑到那些所谓的科学家只不过糊弄一下普通帕杰罗人，并不会产生任何严重的后果，大科学家们也就睁一只眼闭一只眼了。

当起始号飞船神秘从宇宙中消失的事情传了出去后，一些帕杰罗人开始建议使用科学预测家来解释这种事情。

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